prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc.

Životopis

Identifikace osoby

• Prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., narozen 5. září 1959 v Brně, Československo. Ženatý, 3 děti

Pracoviště

• Ústav výpočetní techniky
  a Fakulta informatiky
  Botanická 68a
  602 00 Brno
  Česká republika
  též
  CESNET, z.s.p.o.
  Zikova 4
  162 00 Praha
  Česká republika

Funkce na pracovišti

• profesor
  ředitel Centra CERIT-SC
  vedoucí výzkumný pracovník sdružení CESNET

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2009: Profesor v oboru Informatika
• 1998: Doc. Informatiky, habilitační práce "Praktické logické programování", Fakulta informatiky MU;
• 1994: CSc. Chemická fyzika, Slovenská technická univerzita Bratislava, Slovensko, práce "Rozšířený synthonový model organické chemie";
• 1992: Vědecká hodnost IIa;
• 1983: RNDr. Biochemie, Přírodovědecká fakulta UJEP Brno, práce "Použití Stop-Flow metod pro studium interakcí".

Přehled zaměstnání

• 2009 - : Profesor, Ústav výpočetní techniky a Fakulta informatiky, Masarykova univerzita
• 2013 - 2022: Ředitel, Ústav výpočetní techniky MU
• 2012: Vedoucí katedry počítačových systémů a komunikací, FI MU
• 2011 - : Ředitel Centra CERIT-SC
• 2004 - 2012: Zástupce ředitele Ústavu výpočetní techniky, Masarykova univerzita Brno
• 1998 - 2004: Děkan Fakulty informatiky Masarykovy univerzity
• 1998 - 2009: Docent, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita
• 1998 - : Vedoucí vědecký pracovník, CESNET
• 1994 - 2010: Vedoucí superpočítačového centra, Masarykova univerzita
• 1994 - 1998: Zástupce ředitele Ústavu výpočetní techniky, Masarykova univerzita
• 1994 - 1998: Odborný asistent, Fakulta Informatiky, Masarykova univerzita
• 1991 - 1994: vedoucí oddělení výzkumu, ÚVT MU
• 1989 - 1991: samostatný výzkumný pracovník, ÚVT MU
• 1984 - 1988: výzkumný pracovník, Ústav čistých chemikálií, Lachema, Brno

Pedagogická činnost

• Počítačové sítě a jejich aplikace
  Architektura bezpečných počítačových sítí
  Superpočítače, Architektura superpočítačů, distribuované systémy
  5 aktivních studentů, 18 absolventů PhD studia

Vědeckovýzkumná činnost

• Vysokorychlostní sítě a superpočítače (high performance networking and computing), distribuovaná výpočetní prostředí, bezpečnost v rozsáhlých distribuovaných systémech, akcelerace a optimalizace;
  Multimédia, jejich zpracování a přenos v počítačových sítích, využití ve výuce.

Akademické stáže

• 2007: Academia Sinica Grid Computing, Taipei, Taiwan, týdenní zvaný pobyt
• 2004: CCT LSU, Baton Rouge, Louisiana, USA, dvoutýdenní zvaný pobyt
• 1997: červenec, měsíční expertní stáž v SICS, Stockholm, Švédsko
• 1997: leden, třítýdenní expertní stáž v SICS, Stockholm, Švédsko
• 1993: srpen--říjen, tříměsíční stáž na Department of Computer Science, School of Informatics, City University, Londýn, Velká Británie
• 1993: březen--duben, dvouměsíční stáž na University of Tennessee, Knoxwille, TN, USA
• 1992: duben--květen, dvouměsíční stáž na INSA Lyon, Francie
• 1992: leden, týdenní stáž na Univesité de Burgogne, Dijon, Francie.

Universitní aktivity a členství ve vědeckých radách

• 2012 -: člen vědecké rady Moravské zemské knihovny
• 2005 - 2017: člen vědecké rady Národní knihovny ČR
• 2000 - 2005: člen vědecké rady Přírodovědecké fakulty, Ostravská univerzita
• 1999 - 2012: člen vědecké rady Fakulty aplikovaných věd, ZČU Plzeň
• 2000 -: člen vědecké rady Fakulty informačních technologií, VUT Brno
• 2011 - 2019: člen vědecké rady FI MU
• 2006 - 2014: člen akademického senátu MU
• 2006 - 2014: člen akademického senátu FI MU
• 1998 - 2004: člen vědecké rady MU, Brno
• 1998 - 2007: člen (do roku 2004 předseda) vědecké rady FI MU Brno
• 1997 - 1998: místopředseda Akademického senátu MU, Brno
• 1995 - 1998: předseda Akademického senátu FI MU
• 1994 - 1998: člen Akademického senátu FI MU
• 1990 - 1998: člen Akademického senátu MU, Brno

Projekty

• 2019--2022: vedoucí české části projektu EOSC-SYNERGY, člen vedení projektu (H2020)
• 2019--2023: vedoucí české části projektu EOSC-Life, člen vedení projektu (H2020)
• 2018--2020: vedoucí české části projektu EOSC-Hub, člen vedení projektu (H2020)
• 2017--2020: vedoucí české části projektu DEEP-HybridDataCloud, člen vedení projektu (H2020)
• 2015--2019: vedoucí české části projektu ELIXIR-EXCELERATE, člen vedení projektu (H2020)
• 2015--2017: vedoucí české části projektu INDIGO-DataCloud, člen vedení projektu (H2020)
• 2015--2017: vedoucí české části projektu EGI ENGAGE, člen vedení projektu (H2020)
• 2012--2015: vedoucí české části projektu CHAIN-REDS, člen vedení projektu (7RP EU)
• 2010--2012: vedoucí české části projektu CHAIN, člen vedení projektu (7RP EU)
• 2010--2013: vedoucí české části projektu EMI (European Middleware Initiative, 7RP EU)
• 2010--2014: vedoucí české části projektu EGI InSPIRE, člen (jedno funkční období předseda) Project Management Board, zástupce skupiny zemí střední Evropy (7RP EU)
• 2008--2010: vedoucí české části, člen vedení projektu EUAsiaGrid (7RP EU)
• 2007--2009: člen vedení a od roku 2008 koordinátor projektu EGI_DS (European Grid Initiative Design Study, 7RP EU)
• 2004--2008: vedoucí české části sítě excelence "CoreGrid" (6FP EU, hlavní řešitel ERCIM)
• 2004--2010: vedoucí české části projektů "EGEE" (I až III, 6FP a 7RP EU, hlavní řešitel CERN; v případě projektů EGEE II a EGEE III člen (jedno funkční období předseda) Project Management Board, zástupce zemí středoevropského regionu;
• 2004--2010: zástupce hlavního řešitele výzkumného záměru "Optická síť národního výzkumu a její aplikace", nositelem sdružení CESNET, z.s.p.o.
• 2001--2005: vedoucí české části projektu "GridLab" (5FP EU, hlavní řešitel PSNC Poznaň, Polsko)
• 2000--2003: vedoucí české části (Associated Contractor) projektu "Datagrid" (5FP EU, hlavní řešitel CERN)
• 1999--2003: zástupce hlavního řešitele výzkumného záměru "Vysokorychlostní sítě a jejich aplikace", nositelem sdružení CESNET, z.s.p.o.
• 1998--2000: hlavní řešitel projektu "SCB-MU -- rozšíření superpočítačového centra Brno" programu Infra2 MŠMT (projekt LB98272)
• 1998--2003: spoluřešitel komplexního projektu Grantové agentury ČR "Laboratoř interakcí člověka s počítačem -- HCILAB" (projekt 201/98/K041)
• 1996--1998: hlavní řešitel projekt programu TEN-34 CZ "MetaCentrum -- prostředí pro rozsáhlé distribuované výpočty" (ID96013)
• 1996--1998: spoluřešitel projektu programu TEN-34 CZ "Vysokorychlostní síť TEN-34 CZ" (hlavní řešitel CESNET, z.s.p.o, ID96001)
• 1996: hlavní řešitel projekt Fondu rozvoje VŠ "Superpočítačová centra vysokých škol ČR"
• 1995--1997: spoluřešitel projektu INFRA MŠMT "Brněnská akademická počítačová síť"
• 1994,1995: koordinátor pilotního projektu "Rozvoj využití superpočítačových technologií na vysokých školách v ČR" Fondu rozvoje VŠ
• 1994--1996: spoluřešitel projektu Grantové agentury ČR ("Počítačové studium konformačního chování biologicky zajímavých molekul")
• 1994: hlavní řešitel projektu Grantové agentury ČR ("Vývoj a implementace paralelních algoritmů s aplikacemi v počítačové chemii")
• 1991, 1992: IBM Akademická iniciativa (ČSFR 1990)

Členství v programových výborech (výběr)

• 2015-: předseda programového výboru konference ISGC
• 2013-2014: předseda EGI Council, předseda správní rady EGI.eu
• 2012: předseda organizačního a člen programového výboru EGI TF 2012
• 2010: předseda programového výboru MEMICS10
• 2008: předseda programového výboru CESNET08
• 1999-2000: předseda programového výboru konferecní Rufis'99 a Rufis'2000
• 1988--1992: sekretář programového výboru Československé zimní školy a semináře Logického programování
• 1984--1990: člen programového výboru serie československých konferencí a seminářů z oblasti Plánování organické syntézy na počítači

Vybrané publikace

• FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. doi:10.1109/TCBB.2019.2907492. 2020. URL info
• VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btz386. 2019. Full Text info
• SALOMONI, Davide, Luciano GAIDO, Isabel Campos PLASENCIA, Jesus E Marco de LUCAS, Peter SOLAGNA, Jorge GOMES, Luděk MATYSKA, P FUHRMAN, Marcus HARDT, Giacinto DONVITO, L DUTKA, Marcin Pl o CIENNIK, Roberto BARBERA, Cristina AIFTIMIEI, Ignacio BLANQUER, Andrea CECCANTI, Mario DAVID, Alvaro Lopez GARCIA, German MOLTO, P ORVIZ, Zdeněk SUSTR, M VILJOEN, Fernando AGUILAR, L ALVES, Alexandre BONVING, Riccardo BRUNO, D DAVIDOVIC, Marco FARGETTA, Yen CHEN, Sandro FIORE, Z KURKCUOGLU, L LLORET, J MARTINS, Alessandra NUZZO, Paola NASSISI, J PINA, Eva SCIACCA, Daniele SPIGA, M TANGARO, Michal URBANIAK, Bas WEGH a T ZOK. INDIGO-DataCloud: A platform to facilitate seamless access to e-infrastructures. Journal of Grid Computing. Springer Science+Business Media B.V., roč. 16, č. 3, s. 381-408. ISSN 1570-7873. doi:10.1007/s10723-018-9453-3. 2018. URL info
• LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA a Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., roč. 7, č. 2018, s. 1-16. ISSN 2046-1402. doi:10.12688/f1000research.15161.1. 2018. URL info
• FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017. URL info
• PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK a Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI. s. 267-274. ISBN 978-90-77381-95-3. 2016. info
• FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK a Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, roč. 71, č. 10, s. 3934-3957. ISSN 0920-8542. doi:10.1007/s11227-015-1483-z. 2015. URL info
• HŘEBÍČEK, Jiří, Miroslav KUBÁSEK, Lukáš KOHÚT, Luděk MATYSKA, Lucia TOKÁROVÁ a Jaroslav URBÁNEK. Vědecké výpočty v matematické biologii. Brno: Akademické nakladatelství CERM. 117 s. ISBN 978-80-7204-781-9. 2012. info
• FEIT, Josef, Lukáš HEJTMÁNEK, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER a Luděk MATYSKA. Hypertext Atlases of Pathology. ISSN 0945-6317. 2012. Hypertextové atlasy pro výuku patologie info
• PETERLÍK, Igor, Luděk MATYSKA a Jiří FILIPOVIČ. Haptic Interaction with Complex Models Based on Precomputations. In Advances in Haptics. Vukovar (Croatia): IN-TECH. s. 333-356. ISBN 978-953-307-093-3. 2010. info
• HLADKÁ, Eva, Miloš LIŠKA a Luděk MATYSKA. Multimedia Support for Individualized Learning. In Proceedings of the Fifth International Conference on Information Technology Based Higher Education and Training. Istambul, Turkey: IEEE Catalog Number 04EX898. s. 4-9. ISBN 0-7803-8596-9. 2004. info

20. 3. 2024