Detail publikace

<< zpět
 

E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes

Základní údaje
Originální název:E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
Autoři:David Šafránek, Jan Červený, Matej Klement, Jana Pospíšilová, Luboš Brim, Dušan Lazár, Ladislav Nedbal
Další údaje
Citace:ŠAFRÁNEK, David, Jan ČERVENÝ, Matej KLEMENT, Jana POSPÍŠILOVÁ, Luboš BRIM, Dušan LAZÁR a Ladislav NEDBAL. E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes. BioSystems, Elsevier, 2011, roč. 103, č. 2, s. 115-124. ISSN 0303-2647. doi:10.1016/j.biosystems.2010.10.013.Export BibTeX
@article{908657,
author = {Šafránek, David and Červený, Jan and Klement, Matej and Pospíšilová, Jana and Brim, Luboš and Lazár, Dušan and Nedbal, Ladislav},
article_number = {2},
doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2010.10.013},
keywords = {Biomodels repository; Computational models; Photosynthesis; Systems biology; Web platform},
language = {eng},
issn = {0303-2647},
journal = {BioSystems},
title = {E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes},
url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S030326471000198X},
volume = {103},
year = {2011}
}
Originální jazyk:angličtina
Obor:Informatika
WWW:odkaz do nového oknahttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S030326471000198X
Druh:Článek v odborném periodiku
Klíčová slova:Biomodels repository; Computational models; Photosynthesis; Systems biology; Web platform

E-photosynthesis framework is a web-based platform for modeling and analysis of photosynthetic processes. Compared to its earlier version, the present platform employs advanced software methods and technologies to support an effective implementation of vastly diverse kinetic models of photosynthesis. We report on the first phase implementation of the tool new version and demonstrate the functionalities of model visualization, presentation of model components, rate constants, initial conditions and of model annotation. The demonstration also includes export of a model to the Systems Biology Markup Language format and remote numerical simulation of the model.

Článek představuje novou verzi webového portálu e-photosynthesis.org pro počítačové modelování procesů fotosyntézy. Oproti minulé verzi je kompletně přebudováno jádro i rozhraní systému. Systém je nyní připraven pro obecnou strukturu diferenciálních modelů kompatibilních s formátem SBML. Rozhraní umožňuje registrovaným uživatelem modifikaci parametrů a tvorbu vlastních simulačních profilů. Vlastní simulace modelů je realizována prostřednictvím ODE solveru Octave a je presentována uživateli prostřednictvím grafického zobrazení simulovaných křivek.

Související projekty:

 
 
nahoru