Informace o publikaci
Analýza vazebných míst cukrů v proteinech
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2014 |
| Druh | Odborná kniha |
| Citace | |
| Popis | V dnešní době máme k dispozici výkonné metodiky strukturní analýzy, které nám poskytují velké množství informací o 3D strukturách proteinů. V práci se zabývám analýzou vazebných míst cukrů v proteinech. V rámci mé bakalářské práce jsem vypracoval software (funkce pro prostředí MATLAB) k výpočtu fingerprintů a matic podobnostních koeficientů. Vstupem je množina PDB souborů uložených v souboru ZIP. Analýzu vazebných míst cukrů v proteinech provádím na vzorku dat získaných z Protein Data Bank pomocí softwaru MotiveQuery. Dále pomocí softwaru SiteBinder provádím superpozici strukturních motivů. Tyto motivy následně třídím do skupin podle podobností. V celém vzorku dat se objevilo šest rozdílných větších skupin vazebných míst cukrů. Těchto šest sad pokrývá celkem 73,5 % všech analyzovaných dat. Tyto výsledky ukazují, že postup analýzy navržený a implementovaný v mé práci je úspěšný a mělo by proto smysl provést jeho plnou automatizaci. |