Narodil se 21. února 1870 ve Vyškově. Po absolvování gymnázia v Brně začal v roce 1889 studovat na právnické fakultě Karlovy univerzity. Současně navštěvoval přednášky z dějepisu a pomocných věd historických na fakultě filozofické, na kterou nakonec v roce 1892 přešel. Jeho učiteli zde byli prof. Rezek a prof. Goll. Po absolutoriu (1895) pokračoval ve studiu ještě na zahraničních univerzitách v Berlíně (1896) a v Bonnu (1897). Po návratu ze zahraničí již nenastoupil na pražskou filozofickou fakultu, ale přešel do Brna do Moravského zemského archivu (1899). V roce 1920 se stal řádným profesorem všeobecných dějin na Masarykově univerzitě, ředitelem Historického semináře a v akademickém roce 1920–21 byl prvním děkanem filozofické fakulty. Navrátil přednášel obecné dějiny středověku a hlavním těžištěm jeho badatelské činnosti byly otázky protireformace a působení jezuitského řádu na Moravě (Biskupství olomoucké 1576–1579 a volba Stanislava Pavlovského, 1909; Akta a listiny olomouckých jesuitů za protireformace z let 1558–1590, I., 1916). Navrátil je označován za průkopníka moravské historiografie a velmi se zasloužil o Matici moravskou i o Časopis Matice moravské, který po dlouholetém Navrátilově úsilí mohl konkurovat Českému časopisu historickému. Bohumil Navrátil zemřel 2. 7. 1936.

Jiřina Štouračová. Bohumil Navrátil – rektor 1926–27. (Galerie rektorů naší univerzity. III. Filozofové). Universitas. Revue Masarykovy univerzity v Brně. 4/1994, s. 41.