Detail projektu

<< zpět

Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema

Kód projektu:

GAP302/12/0574

Období řešení:

1/2012 - 12/2016

Investor:

Grantová agentura ČR

Programový rámec / typ projektu:

Standardní projekty -

Fakulta/Pracoviště MU:

Lékařská fakulta
Řešitel na MU:	doc. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Publikace/Výsledky:

více

Anotace

Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.

nahoru