Detail projektu

 

Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema

Kód projektu:GAP302/12/0574
Období řešení:1/2012 - 12/2016
Investor:odkaz do nového oknaGrantová agentura ČR
Programový rámec / typ projektu:Standardní projekty -
Fakulta/Pracoviště MU:
Lékařská fakulta
Řešitel na MU:prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
Publikace/Výsledky:více
Anotace

Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.