Informace o projektu
Vizualice proteinových struktur
- Kód projektu
- GA201/07/0927
- Období řešení
- 1/2007 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Další fakulta/pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- virtuální realita, vizualizace proteinu, interakční techniky, molekulová dynamika
Projekt je zaměřen na výzkum metod pro vizualizaci proteinů. Pomocí metod počítačové geometrie jsou analyzovány prostorové vztahy v proteinových strukturách a vyhledávány tunely, které mají výrazný vliv na reaktivní schopnosti proteinu. Pro analýzu rozsáhlých proteinů jsou využity 3D Voroného diagramy. Je řešena identifikace významných tunelů a jejich vývoj v časovém intervalu. Projekt také řeší nové metody vizualizace pomocí prostředků virtuální reality, které zviditelní detaily analýzy proteinu. Pro proteiny s vysokou složitostí bude vyvinuta metoda významem řízené vizualizace.
Další část projektu se zaměří na interaktivní modifikaci proteinové struktury ve zvolených oblastech tunelů pomocí výměny reziduí a jejich rotamerů. Zde budou aplikovány metody počítačové geometrie spolu s kombinatorickými přístupy. Současně bude nutné řešit problematiku detekce kolizí mezi atomickými strukturami. Kromě základního výzkumu bude výsledkem projektu interaktivní aplikace pro proteinové inženýrství.
Publikace
Počet publikací: 23
2014
-
Aktuální stav v oblasti analýzy a vizualizace proteinových struktur
Rok: 2014, druh: Vyžádané přednášky
2010
-
CAVER 2.1
Rok: 2010
-
CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins
The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2010, rok: 2010
-
Tracking single channel in protein dynamics
WSCG Communication Papers proceedings, rok: 2010
2009
-
.: Keyhole-Lock-Key Model: Engineering of Tunnels in Proteins with Buried Active Sites
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Computation of channels in protein dynamics
Proceedings of the IADIS International Conference Applied Computing 2009, rok: 2009
-
Computational Tools for Designing and Engineering Biocatalysts.
CURRENT OPINION IN BIOLOGICAL CHEMISTRY, rok: 2009, ročník: 1, vydání: 13
-
Computer-Assisted Engineering of Biomolecules
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Dynamic visualization of protein secondary structures
Proceedings of the 13th Central European Seminar on Computer Graphics (CESCG 2009), rok: 2009
-
Engineering of tunnels in proteins with buried active sites
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky