Informace o projektu
Role transportu ligandov pre funkciu enzýmov

Enzýmy sú účinné a špecifické katalyzátory používané v biosyntéze, biodegradácii a biomedicíne. Pre ich praktické aplikácie je často potrebné enzýmy upraviť. K úpravám enzýmov racionálnym dizajnom je nevyhnutné porozumenie ich molekulárnym mechanizmom. Do nedávnej doby sa pre pochopenie mechanizmu považovalo za dôležité len aktívne miesto enzýmu, v ktorom dochádza k chemickej premene substrátu na produkt. Najnovšie poznatky ukazujú, že v mnohých enzýmoch je potrebné venovať pozornosť aj molekulárnym tunelom, ktoré umožňujú prístup substrátu do aktívneho miesta a po reakcii odchod produktov do okolitého prostredia. V rámci tejto práce budú študované transportné tunely v enzýmoch metódou molekulovej dynamiky. Cieľom projektu bude najmä opis transportu rôznych ligandov vo vybraných proteínoch, ako s využitím klasických molekulovo dynamických simulácií a simulácií s posilneným vzorkovaním, tak výpočtami súvisiacich voľných energií z dynamiky nerovnovážnej. Teoretické pozorovania budú v rámci spolupráce experimentálne potvrdené s použitím moderných biochemických metód a využité pri navrhovaní enzýmov účinnejších pri degradovaní toxických látok v životnom prostredí.