Informace o projektu
Biofyzika a bioinformatika genomových fragmentů DNA velice bohatých na guanin a adenin
- Kód projektu
- IAA500040903
- Období řešení
- 1/2009 - 12/2013
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Akademie věd ČR
- Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména AV ČR
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
- Spolupracující organizace
-
Akademie věd České republiky
Provedeme bioinformatickou analýzu lidského, šimpanzího a dalších genomů s cílem identifikovat a lokalizovat nejdelší úseky s extrémně vysokým obsahem guaninu a adeninu v jednom řetězci DNA. Výsledky pro jednotlivé genomy porovnáme pro pochopení jejich funkce. Pomocí NMR spektroskopie určíme detailní molekulární strukturu (GA)n a (GAA)n.Pomocí CD spektroskopie a gelové elektroforézy porovnáme sekundární strukturu vybraných fragmentů příbuzných (GA)n a (GAA)n. Pomocí PCR určíme jejich náchylnost k prodlužování, které má vztah k evoluci genomů a jejich patologickým změnám. Vyvineme fotochemické metody pro stanovení sekundární struktury fragmentů (G+A) v genomovém kontextu. Empirická analýza krystalových struktur DNA bude sloužit k nalezení zákonitostí vertikálního vrstvení a vodíkového párování fragmentů (G+A). Projekt přispěje k pochopení úlohy, kterou v genomech hrají velmi dlouhé úseky s extrémním obsahem guaninu a adeninu v jednom řetězci DNA.
Publikace
Počet publikací: 5
2014
-
Loss of loop adenines alters human telomere d(AG3(TTAG3)3) quadruplex folding
Nucleic Acids Research, rok: 2014, ročník: 42, vydání: 22, DOI
2012
-
Circular dichroism and guanine quadruplexes
Methods, rok: 2012, ročník: 57, vydání: 1, DOI
-
Circular Dichroism Spectroscopy of DNA: From Duplexes to Quadruplexes
Chirality, rok: 2012, ročník: 24, vydání: 9, DOI
-
RNA
NMR of Biomolecules, Towards Mechanistic System Biology, vydání: Vyd. 1., rok: 2012, počet stran: 17 s.
2010
-
Phosphorus Chemical Shifts in a Nucleic Acid Backbone from Combined Molecular Dynamics and Density Functional Calculations
The Journal of the American Chemical Society, rok: 2010, ročník: 132, vydání: 48