Detail projektu

 

Analýza a vizualizace proteinových struktur

Kód projektu:GAP202/10/1435
Období řešení:1/2010 - 12/2012
Investor:odkaz do nového oknaGrantová agentura ČR
Programový rámec / typ projektu:Standardní projekty -
Fakulta/Pracoviště MU:
Fakulta informatiky
Řešitel na MU:doc. Ing. Jiří Sochor, CSc.
Člen realizačního týmu:RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
RNDr. Antonín Pavelka
Mgr. Tibor Szabó
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.
Mgr. Vilém Šustr
Mgr. Matúš Zamborský
Spolupracující organizace:
odkaz do nového oknaZápadočeská univerzita v Plzni
Odpovědná osoba:doc. Ing. Ivana Kolingerová, Dr.
Publikace/Výsledky:více
Klíčová slova:vizualizace; virtuální reality; protein; molekulová dynamika
Anotace

V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro bioechemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod. budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Metody budou začleněny do do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.