Detail publikace

 

Genome size in Cyperaceae

Základní údaje
Originální název:Genome size in Cyperaceae
Název česky:Velikost genomu u šáchorovitých
Autoři:Petr Bureš, František Zedek, Petr Šmarda, Olga Rotreklová, Ivana Hralová
Další údaje
Citace:BUREŠ, Petr, František ZEDEK, Petr ŠMARDA, Olga ROTREKLOVÁ a Ivana HRALOVÁ. Genome size in Cyperaceae. In The Comparative Biology of the Monocotyledons. První. Copenhagen: University of Copenhagen, 2008. s. 13-14, 2 s. ISBN 978-87--8777203-7.Export BibTeX
@inproceedings{782853,
author = {Bureš, Petr and Zedek, František and Šmarda, Petr and Rotreklová, Olga and Hralová, Ivana},
address = {Copenhagen},
booktitle = {The Comparative Biology of the Monocotyledons},
edition = {První},
keywords = {base composition; Carex; chromosome size; Eleocharis; polyploidy},
howpublished = {tištěná verze "print"},
language = {eng},
location = {Copenhagen},
isbn = {978-87--8777203-7},
pages = {13-14},
publisher = {University of Copenhagen},
title = {Genome size in Cyperaceae},
year = {2008}
}
Originální jazyk:angličtina
Obor:Botanika
Druh:Článek ve sborníku
Klíčová slova:base composition; Carex; chromosome size; Eleocharis; polyploidy

In Cyperaceae the detection of polyploidy is complicated by chromosomal fusion and fragmentation (symploidy and agmatoploidy) due to holokinetic nature of chromosomes. Studying karyotype and genome size in Cyperaceae, we combined molecular methods, flow cytometry, and chromosome counts in Carex and Eleocharis. These genera are contrasting in number of species, evolutionary centres, ecological diversification, but mainly in genome size and chromosome size variation, which is in Eleocharis one of the largest known among angiosperm genera (from 8.1 to 296 Mbp). We analysed the following genomic parameters: genome size, chromosome number, chromosome size, AT/GC composition, Ty3-gypsy and Ty1-copia retrotransposons diversity and amount. Evolutionary dynamics of these species-specific parameters mapped onto phylogeny based on molecular sequence markers (ITS, trnL-F) was used for the evaluation of the role of: polyploidy, agmatoploidy, symploidy, and retrotransposon amplification or removal.

V čeledi Cyperaceae je detekce polyploidie komplikovaná chromosomálními fúzemi a fragmentacemi (symploidie a agmatoploidie) v důsledku holokineticé povahy chromosomů. Studujíc karyotyp velikost genomu u Cyperaceae, jsme kombinovali molekulární metody, flow cytometrii a počítání chromosomů u Carex a Eleocharis. Tyto rody kontrastují počtem druhů, evolučními centry, ekologickou diversifikací, ale hlavně variabilitou velikostí genomu a chromosomů, která je u Eleocharis jedna z největších mezi rody krytosemenných rostlin (od 8.1 do 296 Mbp). Analyzovali jsme genomické parametry: velikost genomu, počet chromosomů, velikost chromosomů, AT/GC poměr, Ty3-gypsy a Ty1-copia retrotransposonovou diversitu a množství. Evoluční dynamika těchto druhopvě specifických parametrů mapovaná na fylogenetické vztahy, vycházející ze sekvenčních markerů (ITS, trnL-F) byla použita pro zhodnocení role polyploidie, agmatoploidie, symploidie, a retrotransposonové aktivity.

Související projekty: