Informace o publikaci
Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method
| Název česky | Implementace, optimalizace a paralelizace metod EEM a ABEEM |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | J Comput Chem |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Klíčová slova | charge distribution; electronegativity equalization method; atom-bond electronegativity equalization method; optimization; parallelization; parallel virtual machine |
| Popis | Nejčastěji používanými metodami pro výpočet náboje atomů v rámci molekuly jsou ab-initio kvantově mechanické metody. V nedávné době byly vyvinuty rychlejší metody pro výpočet náboje - eqalizační metody EEM (electronegativity equalization method) a ABEEM (atom-bond electronegativity equalization method), které jsou založeny na DFT. V této práci byly metody EEM a ABEEM implementovány a optimalizovány, přičemž byly vytvořeny programy EEM SOLVER a ABEEM SOLVER. Tyto programy byly otestovány a bylo ověřeno, že jejich výsledky dosahují požadované přesnosti a že jsou výrazně rychlejší než ab-initio metody. Bylo zjištěno, že nejvíce časově náročnou částí equalizačních metod je redukce matice soustavy rovnic, vygenerované při výpočtu. Z tohoto důvodu byla uvedená část algoritmu nahrazena paralelním algoritmem a implementována pomocí PVM (parallel virtual machine). Paralelní verze programů EEM SOLVER a ABEEM SOLVER vykazují výrazné zefektivnění, speciálně při použití víceprocesorového počítače. |
| Související projekty: |