Informace o publikaci
Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview
| Název česky | Molekulární markery použity v studiu dvoukřídlích s metodickým souhrnem |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Acta Universitatis Carolinae |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Zoologie |
| Klíčová slova | Diptera molecular markers phylogeny |
| Popis | Používanie analýz DNA umožňuje riešiť taxonomické a fylogenetické problémy na rôznych úrovniach. Táto práca podáva prehľad v súčasnosti používaných genetických markerov pri štúdiu dvojkrídleho hmyzu. Výber vhodného génu pri riešení daného taxonomického problému má kľúčovú úlohu pre zaistenie kvalitného a realistického výsledku. Mnohé z génov sú použiteľné na rôznych taxonomických stupňoch (16S, COI, 18S), iné sú obmedzené na výlučne na nižšie (medzi- a vnútrodruhové analýzy) (cytB). Okrem prehľadu používaných génových markerov práca podáva prehľad laboratórnych metód použitých pri extrakcii i optimalizovaní PCR reakcií. Sú tu uvedené limitujúce podmienky extrahovania DNA i predbežné výsledky analýz vybraných skupín dvojkrídlovcov. V súčasnosti bežiaci výskum je zameraný na rekonštrukciu fylogenetických vzťahov v čeľadiach Stratiomyidae, Ceratopogonidae, Tachinidae a Simuliidae. Na riešenie rôznych taxonomických problémov boli vybrané viaceré genetické markery (16S, 28S, COI, cytB). Počas extrakcie DNA sme narazili na niekoľko limitujúcich faktorov, ako je napr. vek sušeného materiálu, extrakcia bez použitia tekutého dusíku, atď. K dispozícii bolo okolo 100 parciálnych sekvencií dvojkrídlovcov (v súčasnej dobe je to už vyše 300 sekvencií), ktoré budú využité k rekonštrukcii fylogenetických vzťahov v rámci jednotlivých čeľadí použitím metód „maximum parsimony“, „neighbour-joining“ a „maximum likelihood“, prípadne ďalších. |
| Související projekty: |