Informace o publikaci

Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Logo poskytovatele
Autoři

ZOBANÍKOVÁ Marie ŠMAJS David

Rok publikování 2008
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Treponema pallidum subsp. pertenue je původcem tropického kožního onemocnění yaws. Poddruh pertenue nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprintingu a microarray analýzou otevřených čtecích rámců byla ověřena i velká shoda na úrovni sekvence DNA. K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue.Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a technologií firmy Solexa (Solexa). Princip detekce CGS se od pyrosekvencování a Solexy výrazně liší, protože metoda je založena na využití hybridizace na oligonukleotidovém čipu, zatímco Solexa a pyrosekvencování využívají detekci inkorporace nukleotidu při polymerázové reakci. Kombinací sekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s dokončenou sekvencí. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů. Pro zpracování sekvencí byl použit program Lasergene.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info