METODY V ZÁZNAMU, HODNOCENÍ A ZPRACOVÁNÍ GENOMICKÝCH SIGNÁLŮ FRAKTÁLY

• Autoři: VALLA Martin; NEDVĚD Jiří; PAVLÍK Dušan; ADAM Vojtěch; HUBÁLEK Jaromír; TRNKOVÁ Libuše; KIZEK René; PROVAZNÍK Ivo
• Rok publikování: 2010
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: XIV.Setkání biochemiků a molekulárních biologů - sborník příspěvků
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Obor: Biochemie
• Klíčová slova: fractals; genomic DNA
• Popis: Cílem projektu je uvedení do problematiky teorie fraktálů a aplikace těchto poznatků pro analýzu obrazů získaných ze sekvence DNA kódu. Pro analýzu byly vybrány genomové sekvence kódující proteiny s afinitou k iontům kovů (metalothionein, protein p53, metaloproteinaza). Výsledkem jsou fraktální koeficienty odvozené od dimenzí struktur. Ty nám dovolují zavést kritérium pro odlišení sekvencí, multifraktální koeficient. Výstup lze také reprezentovat jako více rozměrné zobrazovaní a záznam genomického signálu (1D, 2D a 3D). Všechny algoritmy byly vytvořeny v prostředí maticové laboratoře MATLAB.

Související projekty

• Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu