Publication details
Automatická anotácia sekundárnych štruktúr v cytochrómoch P450 a hodnotenie ich štruktúrnej podobnosti
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2016 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Cytochrómy P450 (CYP) sú nadrodinou proteínov vyskytujúcich sa v organizmoch od baktérií až po človeka, plniacich najčastejšie funkciu monooxigenázy. Ide o hemoproteíny s prevažne alfa-helikálnou štruktúrou. Napriek nízkej sekvenčnej identite v rámci tejto nadrodiny je štruktúra domény CYP pomerne konzervovaná – obsahuje radu prvkov sekundárnej štruktúry, ktorá sa vyskytuje u väčšiny CYPov [1,2]. V súčasnosti je v databáze PDB dostupných 472 štruktúr zodpovedajúcich členom tejto nadrodiny (podľa klasifikácie CATH) a neustále sú získavané nové štruktúry. Označenie charakteristických prvkov sekundárnej štruktúry je u tejto nadrodiny už empiricky ustálené [2]. Preto má anotácia sekundárnej štruktúry veľký význam pre analýzu štruktúry nových CYPov, porovnanie so známymi štruktúrami a tiež pre pochopenie rozdielov v ich funkcii či precíznejšie hľadanie tunelov pre prístup k aktívnemu miestu. Taktiež umožňuje rýchle odhalenie konformačných zmien, ktoré môžu nastať pri naviazaní ligandu. Manuálna anotácia charakteristických prvkov sekundárnej štruktúry je vzhľadom na veľký počet dostupných štruktúr pomerne časovo náročná. Táto práca sa zameriava na možnosť ich automatickej anotácie. Algoritmus automatickej anotácie je založený na superpozícii analyzovanej štruktúry so štruktúrou už anotovaného templátu a následnom priradení vzájomne si zodpovedajúcich prvkov sekundárnej štruktúry. K samotnému priradeniu sekundárnej štruktúry je využitý štandardný program DSSP [3]. Automatická anotácia je aplikovaná na sadu proteínov z nadrodiny CYP. Na výsledkoch je diskutovaná vhodnosť použitého algoritmu. Ďalej je analyzovaná vzájomná štruktúrna podobnosť týchto proteínov, jej porovnanie so sekvenčnou identitou a súvislosť so zdrojovým organizmom. Tiež je poukázané na najvýznamnejšie rozdiely v štruktúre. Referencie: [1] Otyepka, M.; Skopalik, J.; Anzenbacherova, E.; Anzenbacher, P., What common structural features and variations of mammalian P450s are known to date? Biochimica Et Biophysica Acta-General Subjects 2007, 1770, 376-389. [2] Johnson, E. F.; Stout, C. D., Structural diversity of eukaryotic membrane cytochrome P450s. Journal of Biological Chemistry 2013, 288, 17082-17090. [3] Kabsch, W.; Sander, C., Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637. |