2020

• Choice of Force Field for Proteins Containing Structured and Intrinsically Disordered Regions

  ZAPLETAL Vojtěch MLÁDEK Arnošt MELKOVA K. LOUŠA Petr NOMILNER Erik JASEŇÁKOVÁ Zuzana KUBÁŇ Vojtěch MAKOVICKÁ Markéta LANÍKOVÁ Alice ŽÍDEK Lukáš HRITZ Jozef

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2020, ročník: 118, vydání: 7, DOI

2019

• Quantum Chemical Calculations of NMR Chemical Shifts in Phosphorylated Intrinsically Disordered Proteins

  PAVLÍKOVÁ PŘECECHTĚLOVÁ Jana MLÁDEK Arnošt ZAPLETAL Vojtěch HRITZ Jozef

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2019, ročník: 15, vydání: 10, DOI

2018

• Computational Molecular Modeling Techniques of Biomacromolecular Systems

  HRITZ Jozef MLÁDEK Arnošt

  Kapitola v knize

  Plant Structural Biology: Hormonal Regulations, vydání: Vyd. 1, rok: 2018, počet stran: 28 s.

2017

• Computational characterization of hybrid proteins containing ordered and intrinsically disordered regions

  ZAPLETAL Vojtěch MLÁDEK Arnošt HRITZ Jozef ŽÍDEK Lukáš

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty

2015

• Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit

  KRUSE Holger MLÁDEK Arnošt GKIONIS Konstantinos HANSEN Andreas GRIMME Sstefan ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 10, DOI

2014

• Energies and 2 '-Hydroxyl Group Orientations of RNA Backbone Conformations. Benchmark CCSD(T)/CBS Database, Electronic Analysis, and Assessment of DFT Methods and MD Simulations

  MLÁDEK Arnošt BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr OTYEPKA Michal ZGARBOVÁ Marie ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2014, ročník: 10, vydání: 1, DOI

• Ion Binding to Quadruplex DNA Stems. Comparison of MM and QM Descriptions Reveals Sizable Polarization Effects Not Included in Contemporary Simulations

  GKIONIS Konstantinos KRUSE Holger PLATTS James MLÁDEK Arnošt KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2014, ročník: 10, vydání: 3, DOI

2013

• Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory

  MLÁDEK Arnošt KREPL Miroslav SVOZIL Daniel CECH Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ZGARBOVA Marie JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 19, DOI

• How to understand quantum chemical computations on DNA and RNA systems? A practical guide for non-specialists

  ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt BANÁŠ Pavel JURECKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Methods, rok: 2013, ročník: 64, vydání: 1, DOI

• Nature and Magnitude of Aromatic Base Stacking in DNA and RNA: Quantum Chemistry, Molecular Mechanics, and Experiment

  ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt JURECKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2013, ročník: 99, vydání: 12, DOI