2022

• HiC-TE: a computational pipeline for Hi-C data analysis to study the role of repeat family interactions in the genome 3D organization

  LEXA Matej ČECHOVÁ Monika NGUYEN Son Hoang JEDLIČKA Pavel TOKAN Viktor KUBÁT Zdeněk HOBZA Roman KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 16, DOI

2020

• TE-greedy-nester: structure-based detection of LTR retrotransposons and their nesting

  LEXA Matej JEDLICKA Pavel VANÁT Ivan ČERVEŇANSKÝ Michal KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 36, vydání: 20, DOI

• What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?

  JEDLICKA Pavel LEXA Matej KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Plant Science, rok: 2020, ročník: 11, vydání: 644, DOI

2019

• Nested plant LTR retrotransposons target specific regions of other elements, while all LTR retrotransposons often target palindromes and nucleosome-occupied regions: in silico study

  JEDLIČKA Pavel LEXA Matej VANÁT Ivan KEJNOVSKÝ Eduard HOBZA Roman

  Článek v odborném periodiku

  Mobile DNA, rok: 2019, ročník: 10, vydání: 1, DOI

2018

• Quadruplex DNA in long terminal repeats in maize LTR retrotransposons inhibits the expression of a reporter gene in yeast

  TOKAN Viktor PUTEROVÁ Janka LEXA Matej KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BMC Genomics, rok: 2018, ročník: 19, vydání: 06 03 2018, DOI

• TE-nester: a recursive software tool for structure-based discovery of nested transposable elements

  LEXA Matej LAPÁR Radovan JEDLIČKA Pavel VANÁT Ivan ČERVEŇANSKÝ Michal KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek ve sborníku

  Proceedings 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), rok: 2018

2015

• Fully automated pipeline for detection of sex linked genes using RNA-Seq data

  MICHALOVOVÁ Monika KUBAT Z HOBZA Roman VYSKOT Boris KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2015, ročník: 16, DOI

• Transposable elements and G-quadruplexes

  KEJNOVSKÝ Eduard TOKAN Viktor LEXA Matej

  Článek v odborném periodiku

  Chromosome Research, rok: 2015, ročník: 23, vydání: 3, DOI

2014

• Comparative Chromosomal Mapping of Microsatellites in Leporinus Species (Characiformes, Anostomidae): Unequal Accumulation on the W Chromosomes

  POTRONIERI J. MARQUIONI V. BERTOLLO L.A.C. KEJNOVSKÝ Eduard MOLINA W.F. LIEHR T. CIOFFI M.B.

  Článek v odborném periodiku

  Cytogenetic and Genome Research, rok: 2014, ročník: 142, vydání: 1, DOI

• Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements

  LEXA Matej STEFLOVA Pavlina MARTÍNEK Tomáš VORLÍČKOVÁ Michaela VYSKOT Boris KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BMC Genomics, rok: 2014, ročník: 15, vydání: 1, DOI