Panagiotis Alexiou, PhD

2025

• miRBench: novel benchmark datasets for microRNA binding site prediction that mitigate against prevalent microRNA frequency class bias

  SAMMUT Stephanie GREŠOVÁ Katarína TZIMOTOUDIS Dimosthenis MARŠÁLKOVÁ Eva ČECHÁK David ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Computational systems bioinformatics / Life Sciences Society. Computational Systems Bioinformatics Conference, rok: 2025, ročník: 41, vydání: 1, DOI

2024

• Deep learning and direct sequencing of labeled RNA captures transcriptome dynamics

  MARTINEK Vlastimil MARTIN Jessica BELAIR Cedric PAYEA Matthew J MALLA Sulochan ALEXIOU Panagiotis MARAGKAKIS Manolis

  Článek v odborném periodiku

  NAR Genomics and Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 6, vydání: 3, DOI

• Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth

  ŠÁMALOVÁ Markéta MELNIKAVA Alesia ELSAYAD Kareem PEAUCELLE Alexis GAHUROVÁ Evelína GUMULEC Jaromír SPYROGLOU Ioannis ZEMLYANSKAYA Elena V UBOGOEVA Elena V BALKOVÁ Darina DEMKO Martin BLAVET Nicolas ALEXIOU Panagiotis BENES Vladimir MOUILLE Gregory HEJÁTKO Jan

  Článek v odborném periodiku

  Plant Physiology, rok: 2024, ročník: 194, vydání: 1, DOI

2023

• Analysis of chimeric reads characterises the diverse targetome of AGO2-mediated regulation

  HEJRET Václav VARADARAJAN Nandan Mysore KLIMENTOVÁ Eva GREŠOVÁ Katarína GIASSA Ilektra-Chara VAŇÁČOVÁ Štěpánka ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Scientific Reports, rok: 2023, ročník: 13, vydání: 1, DOI

• CATSNAP: a user-friendly algorithm for determining the conservation of protein variants reveals extensive parallelisms in the evolution of alternative splicing

  TIMOFEYENKO Kseniya KANAVALAU Dzmitry ALEXIOU Panagiotis KALYNA Maria RŮŽIČKA Kamil

  Článek v odborném periodiku

  New Phytologist, rok: 2023, ročník: 238, vydání: 4, DOI

• Genomic benchmarks: a collection of datasets for genomic sequence classification

  GREŠOVÁ Katarína MARTINEK Vlastimil ČECHÁK David ŠIMEČEK Petr ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  BMC Genomic Data, rok: 2023, ročník: 24, vydání: 1, DOI

• RBP-Tar – a searchable database for experimental RBP binding sites

  GREŠOVÁ Katarína RAČEK Tomáš MARTINEK Vlastimil ČECHÁK David SVOBODOVÁ Radka ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  F1000Research, rok: 2023, ročník: 12, vydání: 755, DOI

• The SAP domain of Ku facilitates its efficient loading onto DNA ends

  FULNEČEK Jaroslav KLIMENTOVÁ Eva CAIRO CALZADA Albert BUKOVČÁKOVÁ Soňa ALEXIOU Panagiotis PROKOP Zbyněk ŘÍHA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: 21, DOI

• Transfer Learning Allows Accurate RBP Target Site Prediction with Limited Sample Sizes

  VACULÍK Ondřej CHALUPOVÁ Eliška GREŠOVÁ Katarína MAJTNER Tomáš ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Biology, rok: 2023, ročník: 12, vydání: 10, DOI

• Using Attribution Sequence Alignment to Interpret Deep Learning Models for miRNA Binding Site Prediction

  GREŠOVÁ Katarína VACULÍK Ondřej ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Biology, rok: 2023, ročník: 12, vydání: 3, DOI