prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2009

• Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs

  YILDIRIM Ilyas STERN Harry ŠPONER Jiří ŠPAČKOVÁ Naděžda TURNER Douglas

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2009, ročník: 5, vydání: 8

• Reference Quantum Chemical Calculations on RNA Base Pairs Directly Involving the 2OH Group of Ribose

  ŠPONER Jiří ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr RILEY Kevin ŠPONER Judit HOBZA Pavel

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2009, ročník: 5, vydání: 4

• Revisiting the planarity of nucleic acid bases: Pyramidilization at glycosidic nitrogen in purine bases is modulated by orientation of glycosidic torsion

  SYCHROVSKÝ Vladimír FOLDÝNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ Silvie ŠPAČKOVÁ Naděžda ROBEYNS Koen VAN MEERVELT Luc BLANKENFELDT Wulf VOKÁČOVÁ Zuzana ŠPONER Jiří TRANTÍREK Lukáš

  Recenzovaný odborný článek

  Nucleic Acids Research, rok: 2009, ročník: 37, vydání: 21

• Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda JOANNA Sarzynska KOČA Jaroslav OROZCO Modesto CHEATHAM Thomas KULINSKI Tadeusz SPONER Jiri

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2009, ročník: 5, vydání: 9

• Trans Hoogsteen/Sugar Edge Base Pairing in RNA. Structures, Energies, and Stabilities from Quantum Chemical Calculations

  MLÁDEK Arnošt SHARMA Purshotam MITRA Abhijit BHATTACHARYYA Dhananjay ŠPONER Jiří ŠPONER Judit

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2009, ročník: 113, vydání: 6

2008

• Conformational Transitions of Flanking Purines in HIV-1 RNA Dimerization Initiation Site Kissing Complexes Studied by Charmm Explicit Solvent Molecular Dynamics

  SARZYNSKA Joanna REBLOVA Kamila SPONER Jiri KULINSKI Tadeusz

  Recenzovaný odborný článek

  Biopolymers, rok: 2008, ročník: 89, vydání: 9

• General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility

  BANAS Pavel RULISEK Lubomir HANOSOVA Veronika SVOZIL Daniel WALTER Nils SPONER Jiri OTYEPKA Michal

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 35

• Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids

  SVOZIL Daniel SPONER Judit MARCHAN Ivan PEREZ Alberto CHEATHAM Thomas FORTI Ferda LUQUE Javier OROZCO Modesto SPONER Jiri

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 27

• Tautomeric Equilibrium, Stability, and Hydrogen Bonding in 2-Deoxyguanosine Monophosphate Complexed with Mg2+

  KOSENKOV Dmytro GORB Leonid SHISHKIN Oleg SPONER Jiri LESZCZYNSKI Jerzy

  Recenzovaný odborný článek

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 1

• Theoretical Study on the Factors Controlling the Stability of the Borate Complexes of Ribose, Arabinose, Lyxose, and Xylose

  SPONER Judit E SUMPTER Bobby LESZCZYNSKI Jerzy ŠPONER Jiří FUENTES-CABRERA Miguel

  Recenzovaný odborný článek

  Chemistry – A European Journal, rok: 2008, ročník: 32/2008, vydání: 14