Společná pracoviště s Fakultní nemocnicí u sv. Anny v Brně

• Anesteziologicko-resuscitační klinika
• I. dermatovenerologická klinika
• I. chirurgická klinika
• I. interní kardioangiologická klinika
• I. neurologická klinika
• I. ortopedická klinika
• I. ústav patologie
• II. chirurgická klinika
• II. interní klinika
• Klinika otorinolaryngologie a chirurgie hlavy a krku
• Klinika plastické a estetické chirurgie
• Klinika pracovního lékařství
• Klinika tělovýchovného lékařství a rehabilitace
• Klinika zobrazovacích metod
• Mezinárodní centrum klinického výzkumu
• Mikrobiologický ústav
• Neurochirurgická klinika
• Stomatologická klinika
• Ústav klinické imunologie a alergologie
• Ústav soudního lékařství

Společná pracoviště s Fakultní nemocnicí Brno - pracoviště Nemocnice Bohunice a Porodnice

• Gynekologicko-porodnická klinika
• Chirurgická klinika
• Interní gastroenterologická klinika
• Interní hematologická a onkologická klinika
• Interní kardiologická klinika
• Klinika anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny
• Klinika infekčních chorob
• Klinika interní, geriatrie a praktického lékařství
• Klinika nemocí plicních a tuberkulózy
• Klinika popálenin a plastické chirurgie
• Klinika radiologie a nukleární medicíny
• Klinika úrazové chirurgie
• Klinika ústní, čelistní a obličejové chirurgie
• Neurochirurgická klinika
• Neurologická klinika
• Oční klinika
• Ortopedická klinika
• Psychiatrická klinika
• Urologická klinika
• Ústav patologie

Společná pracoviště s Fakultní nemocnicí Brno - pracoviště Dětská nemocnice

• Dětská oční klinika
• Klinika dětské anesteziologie a resuscitace
• Klinika dětské chirurgie, ortopedie a traumatologie
• Klinika dětské neurologie
• Klinika dětské onkologie
• Klinika dětské otorhinolaryngologie
• Klinika dětských infekčních nemocí
• Pediatrická klinika
• Ústav lékařské genetiky a genomiky

Teoretická pracoviště

• Anatomický ústav
• Biofyzikální ústav
• Biochemický ústav
• Biologický ústav
  • Výzkumná skupina Davida Šmajse
  • Výzkumná skupina Lumíra Krejčího
  • Výzkumná skupina Nicoly Silvy
  • Výzkumná skupina Ondřeje Slabého
  • Výzkumná skupina Pavla Krejčího
  • Výzkumná skupina Stjepana Uldrijana
  • Výzkumná skupina Vladimíra Rotrekla
• Farmakologický ústav
• Fyziologický ústav
  • Výzkumná skupina Markéty Bébarové: Excitabilita a její poruchy
• Ústav histologie a embryologie
  • Výzkumná skupina Dáši Bohačiakové: Neurobiology of the Development and Disease
  • Výzkumná skupina Jana Křivánka: Dental Development and Regeneration
  • Výzkumná skupina Lukáše Čajánka: Laboratory of Cilia and Centrosome Biology
  • Výzkumná skupina Petra Vaňhary: Tissue plasticity and regeneration
  • Výzkumná skupina Zuzany Koledové: Mechanisms of Epithelial Morphogenesis
• Ústav lékařské etiky
• Ústav lékařské psychologie a psychosomatiky
• Ústav patologické fyziologie
  • Výzkumná skupina Kamila Ďuriše: Subarachnoidální krvácení
  • Výzkumná skupina Kateřiny Kaňkové: Molekulární patofyziologie diabetických komplikací
  • Výzkumná skupina Martina Piskáčka: Transkripce v maligních buňkách a v imunitě
  • Výzkumná skupina Michala Masaříka: Cancer Research Lab
  • Výzkumná skupina Moniky Pávkové Goldbergové: Kovy v medicíně
  • Výzkumná skupina Sabiny Ševčíkové: Monoklonální gamapatie a jejich molekulární podstata
• Ústav simulační medicíny
• Ústav veřejného zdraví

Pracoviště nelékařských oborů

• Katedra fyzioterapie a rehabilitace
• Katedra laboratorních metod
• Katedra optometrie a ortoptiky
• Ústav zdravotnických věd

Společná pracoviště s Úrazovou nemocnicí

• Klinika traumatologie

Společná pracoviště s Masarykovým onkologickým ústavem

• Klinika komplexní onkologické péče
• Klinika operační onkologie
• Klinika radiační onkologie

Společná pracoviště s jinými zdravotnickými zařízeními

• Klinika kardiovaskulární a transplantační chirurgie

Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost

• Institut biostatistiky a analýz
  • České národní centrum Evidence-Based Healthcare a Knowledge Translation (CEBHC-KT)
  • Oddělení pro data a technologie

Účelová zařízení

• Centrum léčivých rostlin
• Centrum výpočetní techniky
• Chovné a uživatelské zařízení laboratorních zvířat
• Simulační centrum
• Ústřední knihovna

Správní pracoviště

• Děkanát
  • Ediční oddělení
  • Ekonomické oddělení
  • Oddělení pro komunikaci a vnější vztahy
  • Oddělení pro kvalifikační rozvoj
  • Oddělení pro specializační vzdělávání lékařů a nelékařských zdravotnických povolání
  • Oddělení pro vědu a kvalitu
  • Oddělení projektové podpory
  • Oddělení veřejných zakázek
  • Personální oddělení
  • Právní oddělení
  • Sekretariát
  • Studijní oddělení
  • Zahraniční oddělení
• Technicko-provozní oddělení