Mikrobiologie
Doktorské studium v prezenční nebo kombinované formě.
Program je možné studovat pouze jednooborově.
International applicants for doctoral study (Czech and Slovak Republics applicants NOT included)
Termín podání přihlášky do půlnoci 15. 12. 2023.
Co se naučíte
Program má za cíl připravovat špičkové odborníky v oboru mikrobiologie prokaryotních i eukaryotních mikroorganizmů rozvíjeného v rámci Ústavu experimentální biologie PřF MU. Absolventi by měli být připraveni především na další vědecké kariéry v akademických institucích, ale také na možné uplatnění v laboratořích ve zdravotnictví a ve veterinární medicíně, dále v potravinářském, chemickém i farmaceutickém průmyslu i v biotechnologických firmách s vlastním výzkumným zázemím nebo jako odborní lektoři.
V případě pokračujících vědeckých kariér je u absolventů aktivně podporována dlouhodobá zahraniční zkušenost na pozicích postdoktorandů. Jednotlivé pracoviště programu Mikrobiologie pokrývají následující výzkumná témata, ve kterých jsou také školeni doktorandi:
- Taxonomie a diverzita mikroorganizmů
- Antibiotická rezistence prokaryot
- Bezpečnost potravin a rychlá detekce patogenů
- Emergentní virové nákazy
- Polyfázová klasifikace prokaryot
- Syntetická biologie
- Metanogenní archaea
Spojovacím prvkem mezi tématy jsou sdílené technologie, společné pracovní semináře, odborné semináře a konference. Studenti jsou motivováni vysokou odbornou kvalitou výzkumu v kompetitivním, ale spolupráci otevřeném prostředí. Výkon jednotlivých studentů je oceňován jak finančně, tak také např. formou účasti na prestižních konferencích.
„Bez mikroorganizmů není života na Zemi.“
Praxe
Jedenkrát v průběhu studia má student povinnost realizovat zahraniční stáž nebo zahraniční pracovní pobyt v minimálním rozsahu jeden měsíc.
Chcete vědět víc?
https://www.sci.muni.cz/do/sci/web/vzd/studijni_plany/Mikrobiologie.pdf
O doktorské studenty PřF MU se stará Oddělení pro doktorské studium, kvalitu, akademické záležitosti a internacionalizaci:
https://www.sci.muni.cz/student/phd
Na webové stránce oddělení najdete informace ke studiu:
- formuláře (přihlášky k SDZ a ODP, různé žádosti aj.)
- legislativa (odkazy na: SZŘ, Stip. řád MU, OD ke stipendijním programům PřF)
- disertační práce (OD Pokyny k vypracování disertačních prací, šablony)
- manuály a metodiky (návod pro ISP, studijní a výzkumné povinnosti v DSP apod.)
- doktorské studijní programy (Doporučený průchod studiem, zkušební komise, přehled akreditovaných programů)
- termíny SDZ a ODP
- zápisy (potřebné informace pro zápis do dalšího semestru)
- promoce
ale také úřední hodiny, kontakty, aktuality, informace k rozvoji dovedností a ke stipendiím.
Podrobné informace k zahraničním stážím najdete na této webové stránce:
https://www.sci.muni.cz/student/phd/rozvoj-dovednosti/stay-abroad
Uplatnění absolventů
Absolventi doktorského studijního programu Mikrobiologie mohou získanou kvalifikaci uplatnit zejména ve výzkumných ústavech a resortních pracovištích, jako vysokoškolští učitelé apod. Míra získaných znalostí a zkušeností dává dostatečnou záruku pro značnou adaptabilitu absolventa v různých oblastech mikrobiologie. Jsou oprávněni realizovat samostatnou vědeckou a výzkumnou činnost v oblasti základního i aplikovaného výzkumu. V širším smyslu jsou připraveni provádět všechny činnosti spojené s mikrobiologickou vědeckou prací, tzn. zabývat se koncepčními otázkami, vědecko-organizační činností a také výukou.
Podmínky přijetí
Průběh přijímacího řízení
Uchazeč musí prokázat velmi dobré znalosti obecné mikrobiologie, molekulární biologie a biochemie vztahující se k tématu navržené disertační práce. Uchazeč předkládá stručný návrh projektu své disertační práce, ve kterém stanoví téma, pojmenuje možné problémy a navrhne metodické přístupy k řešení. Klíčovým předpokladem k doktorskému studiu je dobrá znalost anglického jazyka, které mu umožní nejen sledovat odbornou literaturu, ale i pohovořit o své odborné práci.
Přijímací řízení probíhá formou pohovoru, ve kterém komise ověřuje a boduje úroveň odborných znalostí a předpokladů uchazeče k samostatné vědecké práci (0-100 bodů) a znalostí anglického jazyka (0-90 bodů).
Uchazeč musí prokázat velmi dobré znalosti obecné mikrobiologie, molekulární biologie a biochemie vztahující se k tématu navržené disertační práce. Uchazeč předkládá stručný návrh projektu své disertační práce, ve kterém stanoví téma, pojmenuje možné problémy a navrhne metodické přístupy k řešení. Klíčovým předpokladem k doktorskému studiu je dobrá znalost anglického jazyka, které mu umožní nejen sledovat odbornou literaturu, ale i pohovořit o své odborné práci.
Přijímací řízení probíhá formou pohovoru, ve kterém komise ověřuje a boduje úroveň odborných znalostí a předpokladů uchazeče k samostatné vědecké práci (0-100 bodů) a znalostí anglického jazyka (0-90 bodů).
Termín přijímací zkoušky
Pozvánka k přijímací zkoušce je uchazeči zpřístupněna nejméně 10 dní před termínem konání zkoušky skrze e-přihlášku.
Podmínky přijetí
Pro přijetí musí uchazeč získat minimálně 85 bodů v odborné a minimálně 60 bodů v jazykové části zkoušky.
Úspěšný uchazeč je informován o přijetí v e-přihlášce a následně obdrží pozvánku k zápisu.
Kapacita programu
Kapacita daného programu není pevně stanovena, studenti jsou přijímáni na základě rozhodnutí oborové rady po posouzení jejich předpokladů ke studiu a motivace.
Možnosti studia
Jednooborové studium
Výzkumná zaměření dizertačních prací
Jednooborové studium
Analýza genomu patogenních kmenů enterobakterií rezistentních k antimikrobiálním látkám za použití sekvenování nové generace a bioinformatiky
Školitel: doc. RNDr. Monika Dolejská, Ph.D.
Rostoucí incidence bakterií rezistentních k antimikrobiálním látkám a jejich celosvětové šíření představují jedny z předních hrozeb současné medicíny a způsobují závažné komplikace v terapii infekčních onemocnění. Nárůst rezistence je sledován také u patogenních kmenů enterobakterií, které vyvolávají různé infekce člověka i zvířat. Genomika a celogenomové sekvenování (WGS) výrazně posouvají současné poznání v mikrobiologii a staly se důležitými přístupy pro pochopení rysů a vlastností bakterií rezistentních k antibiotikům. Současné WGS technologie však také přinášejí nové výzvy v analýze sekvenačních dat z důvodu obrovské komplexnosti, plasticity a diverzity bakteriálních genomů. Cílem této dizertační práce je práce s daty ze sekvenování nové generace (Illumina, Oxford Nanopore), která zahrnuje především návrh a použití in silico metod pro bioinformatické zpracování WGS dat.
Increasing incidence of bacteria resistant to antimicrobial agents and their global spread is one of the most important threats to current medicine, causing serious difficulties in the therapy of infectious diseases. Growing resistance has been documented also in pathogenic strains of enterobacteria that cause various infections in humans and animals. Genomics and whole genome sequencing (WGS) have the capacity to greatly enhance our knowledge in microbiology and they have become an important approach in our understanding of traits and specific features of antibiotic resistant bacteria. However, current WGS technologies also pose new challenges for sequence analysis due to the enormous complexity, plasticity and diversity of bacterial genomes. The aim of the PhD study will be to work with data from NGS systems (Illumina, Oxford Nanopore), to design and apply in silico methods for bioinformatics processing of WGS data.
Increasing incidence of bacteria resistant to antimicrobial agents and their global spread is one of the most important threats to current medicine, causing serious difficulties in the therapy of infectious diseases. Growing resistance has been documented also in pathogenic strains of enterobacteria that cause various infections in humans and animals. Genomics and whole genome sequencing (WGS) have the capacity to greatly enhance our knowledge in microbiology and they have become an important approach in our understanding of traits and specific features of antibiotic resistant bacteria. However, current WGS technologies also pose new challenges for sequence analysis due to the enormous complexity, plasticity and diversity of bacterial genomes. The aim of the PhD study will be to work with data from NGS systems (Illumina, Oxford Nanopore), to design and apply in silico methods for bioinformatics processing of WGS data.
Školitel
Molekulární podstata interakcí viru klíšťové encefalitidy s hostitelem
Školitel: prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D.
Cílem projektu je studovat interakce mezi virem klíšťové encefalitidy a hostitelem na molekulární a buněčné úrovni. Zvláštní zřetel bude kladen na identifikace molekul zapojených v procesu internalizace viru hostitelskou buňkou, aktivace drah imunitní odpovědi na infekci a hledání genetických markerů, které determinují tropismus viru k různým typům buněk a tkání a závažnost průběhu infekce.
Školitel
Neutralizační protilátky a nanoprotilátky proti viru klíšťové encefalitidy
Školitel: prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D.
Klíšťová encefalitida představuje závažné, potenciálně smrtelné virové onemocnění člověka. V současné době neexistují zádné možnosti pro postexpoziční profylaxi nebo léčbu tohoto onemocnění. Předkládaná práce se zaměří na vývoj nových monoklonálních protilátek a nanoprotilátek, které by účinně neutralizovaly virus klíšťové encefalitidy. Kromě testování protilátek se budeme věnovat studiu mechanismu neutralizace viru a mechanismům, které jsou zapojené do procesu vzniku rezistence viru vůči neutralizaci protilátkami.
Školitel
Plazmidy v šíření rezistence k antibiotikům a jejich interakce s bakteriálním hostitelem
Školitel: doc. RNDr. Monika Dolejská, Ph.D.
Celosvětové rozšíření významných mechanismů rezistence prostřednictvím úspěšných genetických elementů je rostoucím problémem současné medicíny, s obrovským dopadem na zdraví člověka, zvířat a prostředí. Pochopení přenosu a šíření genů rezistence k antibiotikům v bakteriálních populacích je nezbytným předpokladem pro úspěšný boj s rapidně narůstající rezistencí k antibiotikům. Projekt je zaměřen na různé aspekty plazmidů spojených s rezistencí ke kriticky významným antibiotickům izolovaných z různých bakterií a širokého prostředí. Za využití sekvenování nové generace (Illumina, Oxford Nanopore Technologies) a bionformatické analýzy sekvenačních dat bude studována struktura, plasticita a evoluce plazmidů stejně jako jejich potenciál se šířit a udržovat v bakteriálních komunitách. Role přídatných mechanismů a faktorů odpovědných za jejich udržování, šíření a zvyšování fitness bakteriálních hostitelů budou zhodnoceny a uvedeny do kontextu rezistence k antibiotikům. Cílem projektu je přinést nové informace o vlastnostech a rysech rezistentních plazmidů stojících za jejich úspěchem.
The worldwide dissemination of emerging resistance mechanisms via successful genetic elements is growing concern in current medicine, with the huge impact on health of humans, animals and the environment. Understanding how antibiotic resistance genes are mobilized and spread in bacteria is a desirable pre-requisite to combat antibiotic resistance. The project will be focused on various aspects of plasmids associated with resistance to critically important antibiotics isolated from various bacteria and wide sources. New-generation sequencing (Illumina, Oxford Nanopore Technologies Structure) and bioinformatics analysis of sequencing data will be used to study the plasticity and evolution of the resistance plasmids as well as their potential to spread and persist in bacterial communities. The role of additional accessory mechanisms and factors in the plasmid maintenance, transfer and fitness of bacterial hosts will be evaluated along with the resistance to antibiotics. The aim is to bring new knowledge on traits and features of resistance plasmids that are behind their success.
The worldwide dissemination of emerging resistance mechanisms via successful genetic elements is growing concern in current medicine, with the huge impact on health of humans, animals and the environment. Understanding how antibiotic resistance genes are mobilized and spread in bacteria is a desirable pre-requisite to combat antibiotic resistance. The project will be focused on various aspects of plasmids associated with resistance to critically important antibiotics isolated from various bacteria and wide sources. New-generation sequencing (Illumina, Oxford Nanopore Technologies Structure) and bioinformatics analysis of sequencing data will be used to study the plasticity and evolution of the resistance plasmids as well as their potential to spread and persist in bacterial communities. The role of additional accessory mechanisms and factors in the plasmid maintenance, transfer and fitness of bacterial hosts will be evaluated along with the resistance to antibiotics. The aim is to bring new knowledge on traits and features of resistance plasmids that are behind their success.
Školitel
Vývoj nástrojů genetického inženýrství a syntetické biologie pro termofilní bakterie produkující bioplasty
Školitel: doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Extremofilní mikroorganismy plní nezastupitelnou úlohu v řadě přírodních ekosystémů. Termofilní bakterie nejsou výjimkou. Tyto organismy jsou atraktivní jak z pohledu základního výzkumu buněčné adaptace na vysoké teploty tak pro své potenciální využití v biotechnologiích. Poměrně nedávno bylo zjištěno, že řada termofilních bakterií má schopnost kumulovat intracelulární granula polyhydroxyalkanoátů (PHA) – plně biodegradovatelných mikrobiálních polyesterů, které jsou považovány za, z pohledu praktického využití, nejnadějnější bioplasty. Biotechnologická produkce PHA a dalších atraktivních chemikálií v termofilních bakteriích může nabídnout řadu potenciálních benefitů, např. odolnost procesu ke kontaminaci mezofilními mikroorganismy, rychlejší průběh chemických reakcí či lepší rozpustnost substrátů ve vyšších teplotách. Tvorba PHA v těchto zajímavých hostitelích z různých typů substrátů však není příliš detailně prozkoumána. Limitující je v tomto ohledu mimo jiné nedostatek robustních nástrojů genetického inženýrství a syntetické biologie pro termofilní mikroorganismy.
Cílem tohoto doktorského projektu je vývoj těchto nástrojů, které umožní detailnější charakteristiku fyziologie vybraných termofilních bakterií, studium metabolismu různých substrátů (cukrů, aromatických látek apod.) a biosyntézy PHA a případně dalších atraktivních látek. Získané poznatky a vyvinuté nástroje mohou být následně využity například k rozšíření substrátové specifity studovaných termofilních bakterií, nebo ke zvýšení produkce a kvality PHA a mohou přispět k uplatnění těchto organismů v biotechnologiích nové generace.
Extremophilic microorganisms play an indispensable role in many natural ecosystems. Thermophilic bacteria are no exception. These organisms are attractive both for basic research on cellular adaptation to high temperatures as well as for their potential use in biotechnology. Relatively recently, a number of thermophilic bacteria have been found to have the ability to accumulate intracellular granules of polyhydroxyalkanoates (PHAs) - fully biodegradable microbial polyesters that are considered, in terms of practical applications, the most promising bioplastics. The biotechnological production of PHAs and other attractive chemicals in thermophilic bacteria may offer a number of potential benefits, such as process resistance to contamination by mesophilic microorganisms, faster chemical reaction rates, and improved solubility of substrates at higher temperatures. However, the formation of PHAs in these interesting hosts from different types of substrates has not been studied in great detail. A limiting factor in this regard is, among others, the lack of robust genetic engineering and synthetic biology tools for thermophilic microorganisms. The aim of this PhD project is the development of such tools to enable a more detailed characterization of the physiology of selected thermophilic bacteria, the study of the metabolism of different substrates (sugars, aromatics, etc.) and the biosynthesis of PHAs and possibly other attractive compounds. The knowledge gained and the tools developed can subsequently be used, for example, to extend the substrate specificity of the thermophilic bacteria studied or to increase the production and quality of PHAs and may contribute to the application of these organisms in next-generation biotechnologies.
Extremophilic microorganisms play an indispensable role in many natural ecosystems. Thermophilic bacteria are no exception. These organisms are attractive both for basic research on cellular adaptation to high temperatures as well as for their potential use in biotechnology. Relatively recently, a number of thermophilic bacteria have been found to have the ability to accumulate intracellular granules of polyhydroxyalkanoates (PHAs) - fully biodegradable microbial polyesters that are considered, in terms of practical applications, the most promising bioplastics. The biotechnological production of PHAs and other attractive chemicals in thermophilic bacteria may offer a number of potential benefits, such as process resistance to contamination by mesophilic microorganisms, faster chemical reaction rates, and improved solubility of substrates at higher temperatures. However, the formation of PHAs in these interesting hosts from different types of substrates has not been studied in great detail. A limiting factor in this regard is, among others, the lack of robust genetic engineering and synthetic biology tools for thermophilic microorganisms. The aim of this PhD project is the development of such tools to enable a more detailed characterization of the physiology of selected thermophilic bacteria, the study of the metabolism of different substrates (sugars, aromatics, etc.) and the biosynthesis of PHAs and possibly other attractive compounds. The knowledge gained and the tools developed can subsequently be used, for example, to extend the substrate specificity of the thermophilic bacteria studied or to increase the production and quality of PHAs and may contribute to the application of these organisms in next-generation biotechnologies.
Školitel
Školitelé
- Mgr. Magdaléna Crhánová, Ph.D.
- doc. RNDr. Monika Dolejská, Ph.D.
- prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
- doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
- doc. MVDr. Renata Karpíšková, Ph.D.
- doc. Ivan Kushkevych, Ph.D.
- prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
- doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.
- prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D.
- doc. RNDr. Ivan Rychlík, Ph.D.
- prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
- doc. RNDr. Pavel Švec, Ph.D.
- prof. Ing. Tomáš Vítěz, Ph.D.
- doc. Mgr. Monika Vítězová, Ph.D.
Informace o studiu
| Zajišťuje | Přírodovědecká fakulta | |
|---|---|---|
| Typ studia | doktorský | |
| Forma | prezenční | ano |
| kombinovaná | ano | |
| distanční | ne | |
| Možnosti studia | jednooborově | ano |
| jednooborově se specializací | ne | |
| v kombinaci s jiným programem | ne | |
| Doba studia | 4 roky | |
| Vyučovací jazyk | čeština | |
| Spolupracující instituce |
|
|
| Oborová rada a oborové komise | ||
Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail
na
Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Mikrobiologie? Zeptejte se přímo konzultanta programu:
prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
Konzultant programu
| e‑mail: |
|
|---|