Informace o projektu

Profiling DNA structure and DNA ligand interactions inside nuclei of live mammalian cells by in-cell NMR spectroscopy.

Kód projektu
MUNI/E/0771/2018
Období řešení
10/2018 - 9/2019
Investor / Programový rámec / typ projektu
Masarykova univerzita
Fakulta / Pracoviště MU
Středoevropský technologický institut

DNA představuje významný cíl pro vývoj léčiv. V současné době je vývoj DNA vázajících ligandů založen na charakterizaci interakce DNA-ligand za podmínek in vitro, pomocí nespecifických biologických přístupů in vivo, případně na studiu daných interakcí in silico. Biologické metody jsou účinným nástrojem pro studium celkové biologické účinnosti ligandu, nicméně s jejich pomocí je prakticky nemožné spojit biologický fenotyp vyvolaný ligandem s charakterizací interakce mezi ligandem a cílovou molekulou. In vitro a in silico metody sice umožňují detailní charakterizaci interakce DNA ligand, včetně struktury komplexu, stanovení vazebné afinity nebo termodynamické stability komplexu, nicméně tyto přístupy zcela opomíjejí vliv ostaních faktorů, přítomných ve vnitrobuněčném prostředí, na interakci mezi léčivem a cílovou molekulou.
V předložené práci ukazujeme, že je možné skloubit výhody biologického přístupu (tj. monitorování interakce ve fyziologicky relevatním komplexním prostředí) s výhodami in vitro/in silico přístupů (tj. kvantitativních charakterizací interakcí DNA-lečivo) pomocí technologie vyvinuté v naší laboratoři, jmenovitě, tzv. in-cell NMR (Nukleární Magnetická Rezonance) spektroskopie, která umožňuje studovat DNA oligonukleotidy a jejich komplexy s nízkomolekulárními ligandy na úrovni atomárního rozlišení v jádrech živých lidských buněk.

Publikace

Počet publikací: 1