Informace o projektu

Analýza a vizualizace proteinových struktur

Kód projektu
GAP202/10/1435
Období řešení
1/2010 - 12/2012
Investor / Programový rámec / typ projektu
Grantová agentura ČR
Fakulta/Pracoviště MU
Fakulta informatiky
Klíčová slova
vizualizace; virtuální reality; protein; molekulová dynamika
Spolupracující organizace
Západočeská univerzita v Plzni
Odpovědná osoba doc. Ing. Ivana Kolingerová Dr.
Logo poskytovatele

V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro bioechemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod. budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Metody budou začleněny do do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.

Publikace

2015

Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks

BYŠKA Jan — KOLINGEROVÁ Ivana — KOZLÍKOVÁ Barbora SOCHOR Jiří

Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins

JURČÍK Adam — BYŠKA Jan — SOCHOR Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

2014

CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures

KOZLÍKOVÁ Barbora — ŠEBESTOVÁ Eva — ŠUSTR Vilém — BREZOVSKÝ Jan — STRNAD Ondřej — DANIEL Lukáš BEDNÁŘ David — PAVELKA Antonín — MANAK Martin — BEZDĚKA Martin — BENEŠ Petr — KOTRY Matúš — GORA Artur Wiktor — DAMBORSKÝ Jiří SOCHOR Jiří

2013

Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel

KOUDELÁKOVÁ Táňa CHALOUPKOVÁ Radka BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk — ŠEBESTOVÁ Eva — HESSELER M. — KHABIRI M. — PLEVAKA M. — KULIK D. — KUTA SMATANOVA I. — REZACOVA P. — ETTRICH R. — BORNSCHEUER U.T. — DAMBORSKÝ Jiří

Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil

NIHARIKA Neha — MOSKALÍKOVÁ Hana — KAUR Jasvinder — SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk — LAL Rup

Real-time Visualization and Exploration of Protein Empty Space with Varying Parameters

STRNAD Ondřej — KOZLÍKOVÁ Barbora — ŠUSTR Vilém — SOCHOR Jiří

Real-time visualization of protein empty space with varying parameters

STRNAD Ondřej — ŠUSTR Vilém — KOZLÍKOVÁ Barbora SOCHOR Jiří

Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels

BREZOVSKÝ Jan — ŠEBESTOVÁ Eva — GORA Artur Wiktor — PAVELKA Antonín — BIEDERMANNOVÁ Lada — DAMBORSKÝ Jiří

Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

KAUR Jasvinder — MOSKALÍKOVÁ Hana — NIHARIKA Neha — SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk — LAL Rup

Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

NIHARIKA Neha — MOSKALÍKOVÁ Hana — KAUR Jasvinder — KHAN Fazlurrahman — SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk — LAL Rup

Předchozí 1 2 3 Další

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info