Informace o publikaci

Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics

Autoři

FILIPOVIČ Jiří PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch

Druh Článek ve sborníku
Konference Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference
Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
Přiložené soubory
Popis In this paper, we introduce GPU acceleration of RMSD approximation, which is computationally demanding task in molecular metadynamics. Comparing to tuned CPU implementation, we have reached 4.4x speedup using mid-end GPU. The scaling of our GPU implementation is sufficient to be usable in real-world application.
Související projekty: