Influence of Trp flipping on carbohydrate binding in lectins. An example on Aleuria aurantia lectin AAL

• Autoři: HOUSER Josef; KOZMON Stanislav; MISHRA Deepti; MISHRA Sushil Kumar; ROMANO Patrick R; WIMMEROVÁ Michaela; KOČA Jaroslav
• Rok publikování: 2017
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Plos one
• Fakulta / Pracoviště MU: Středoevropský technologický institut
• www: http://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0189375&type=printable
• Doi: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0189375
• Obor: Biochemie
• Klíčová slova: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN; DISPERSION INTERACTIONS; CRYSTAL-STRUCTURE; PI INTERACTION; CORE FUCOSE; PROTEIN; APPROXIMATION; ENERGY; RECOGNITION; SPECIFICITY
• Popis: Interakce protein-cukr jsou často zprostředkovány pomocí CH-pi interakce zahrnující boční řetězec aromatické aminokyseliny. Analýza PDB databáze prokázala tuto interakci pro 265 ligandů a 5208 motivů. Modelový systém interakce je lektinová rodina AAL. V této studii jsme pomocí RTG struktury s vysokým rozlišením a následné in silico analýze prokázali existenci dvou preferovaných konformerů Trp a porovnali jejich výskyt a energetickou bilanci pro vazbu sacharidu.

Související projekty

• Studium proteinu z patogenu zapojených do rozpoznávání hostitelského organismu
• CERIT Scientific Cloud
• CEITEC 2020