Informace o publikaci
Analýza polymorfismu DNA markerů u přírodních pozdně kvetoucích linii Arabidopsis thaliana
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2003 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Arabidopsis; polymorphism; DNA markers |
| Popis | Cílem této práce bylo určit polymorfismus u vybraných DNA markerů mezi pěti přírodními pozdně kvetoucími liniemi z jižní Moravy (Je-4, Je-18, Je-27, Je-28 a Hod) a devíti laboratorními liniemi (Col, Ler, S96, Di-G, H55, En-2, La-O, Nd-O a Ws) Arabidopsis thaliana. Výsledky budou využity pro křížení vhodných linií za účelem mapování genů způsobujících pozdnost v přírodních populacích. Určení mapové pozice genu spočívá ve stanovení četnosti rekombinace sledovaného znaku s markerem. V naší laboratoři k těmto účelům využíváme tzv. DNA markerů založených na PCR, především SSLP (simple sequence length polymorphisms) markery. Jedná se o repetitivní sekvence, jejichž počet opakování se liší u různých genotypů. Při vazbové analýze je vždy křížena rostlina s mapovaným znakem s rostlinou standardního genotypu, přičemž oba genotypy musí být v SSLP markeru vzájemně polymorfní. Polymorfismus byl sledován u třinácti mikrosatelitních markerů, které rovnoměrně pokrývají celý genom A. thaliana - nga 280, ATPASE, nga 1145, nga 168, nga 162, GAPAb, nga6, nga 1111, nga 1139, nga 1107, nga 225, nga 139 a SO191. U všech linií byla pro jednotlivé markery provedena PCR a produkty byly zviditelněny pomocí agarózové elektroforézy. Délka mikrosatelitních sekvencí u jednotlivých linií byla určena programem ANAGEL 1.2. Na základě zjištěného polymorfismu pozdních genotypů a laboratorních linií bylo navrženo pro všech pět pozdních genotypů křížení se standardem Col a Ler. Dále byla pro všechny pozdně kvetoucí genotypy (s výjimkou Je-4) navržena ještě další dvě křížení tak, aby byl při mapování pokryt celý genom. |
| Související projekty: |