Informace o publikaci
Metodické možnosti stanovení počtu CTG/CAG opakování v trinukleotidových repeticích lidského genomu
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2003 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Časopis lékařů českých |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Klíčová slova | Neurodegenerative diseases; myotonic dystrophy; Huntington's disease; DMPK gene; IT-15 gene; trinucleotide repeats; expanded trinucleotide; Triplet Primed PCR |
| Popis | Východisko. Dynamické mutace lidského genomu jsou novou třídou genových mutací, reprezentovaných nestabilním počtem trinukleotidového opakování, způsobující závažná dědičná neuromuskulární a neurodegenerativní onemocnění u lidí. Identifikace patologických expandovaných alel na molekulární úrovni je důležitá pro klinickou diagnózu. Metody a výsledky. Pro molekulární diagnostiku expandovaných tandemových repeticí trinuklotidových sekvencí jsme zavedli efektivní TP-PCR metodu podle Warnera et al., (1996). Pro rychlou detekci expandovaných CTG alel genu DMPK (myotonická dystrofie, MD) jsme tuto metodu modifikovali do dvoustupňového protokolu; nejprve byly pomocí PCR selektovány vzorky DNA heterozygotů s využitím primerů P1 a P2, ohraničujících trakt s repeticemi, druhé vyšetření metodou TP-PCR bylo zaměřeno především na identifikaci patologické alely. Fluorescenčně značený specifický primer v TP-PCR byl použit pro přesné určení počtu CAG opakování v genu IT-15 (Huntingtonova choroba, HD) v diagnosticky důležité oblasti šedé zóny (rozmezí 35-39 CAG). Reprodukovatelnost výsledků PCR byla ověřena na kontrolních vzorcích DNA o známém genotypu a v případě MD také Southernovou hybridizací. Zejména jsme ukázali možnost levnějšího PCR-P1/P2 a TP-PCR protokolu, který využívá barvení PCR produktů separovaných na polyakrylamidových gelech stříbrem. Závěr. Naše zkušenosti se zavedením výše uvedených PCR metod do laboratorní praxe dokumentují obecné možnosti jejich významného uplatnění pro molekulární diagnostiku dědičných chorob charakterizovaných nestabilitou v trinukleotidových traktech. |