Informace o publikaci

Analýza proteomu polyvalentního fága

Autoři

EYER Luděk ZDRÁHAL Zbyněk KONEČNÁ Hana PANTŮČEK Roman RŮŽIČKOVÁ Vladislava PREISLER Jan HERNYCHOVÁ L. DOŠKAŘ Jiří

Rok publikování 2005
Druh Článek ve sborníku
Konference Študentská vedecká konferencia
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova bacteriophages; MALDI-TOF; SDS-PAGE; phage therapy; proteomics; genomics
Popis Úvod: Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág z čeledi Myoviridae (obr. 1), který se vyznačuje širokým rozmezím hostitelů zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti z něj činí vhodného kandidáta pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Genomem fága 812 je lineární dvouřetězcová DNA o velikosti cca 145 kbp. Modul zahrunující strukturní geny vykazuje podobnou organizaci a vysoký stupeň homologie se strukturními moduly stafylokokových fágů K a Twort a s listeriovým fágem A511 (obr. 2). Tato práce byla zaměřena na analýzu proteomu fága 812 a jeho srovnání s příbuznými fágy U16, SK311 a Twort s cílem identifikovat strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k jejich odlišnému rozmezí hostitele. Metody: Propagace fága 812 na kmeni S. aureus SA812, purifikace fágových částic v gradientu CsCl, dialýza proti vodě, odstranění fágové DNA pomocí DNázy I, separace fágových proteinů pomocí 1D a 2D SDS-PAGE, barvení gelů pomocí Coomassie Brilliant Blue G-250 nebo stříbra, identifikace proteinů metodou peptidového mapování s využitím MALDI-TOF hmotností spektrometrie a LC MS/MS. Kprohledávání byla použita proteinová databáze vzniklá překladem dostupných úseků DNA fága 812 a proteinová databáze blízce příbuzných fágů K a Twort. Výsledky: Pomocí 1D a 2D SDS-PAGE bylo nalezeno cca 40 proteinů o velikosti ~10 - 150 kDa (obr. 3). Proteinové profily fágů 812, Twort, SK311 a U16 se vzájemně podobají. Byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16, které se významně liší svým rozmezím hostitele (obr. 4). Peptidovým mapováním bylo identifikováno 13 proteinů fága 812 a 3 proteiny fága Twort. Tři z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (mcp, obr. 5), portálový protein a protein bičíkové pochvy (mtsp). Dalších 8 proteinů lze pravděpodobně zařadit do skupiny strukturních proteinů. Zbývajícím dvěma nalezeným proteinům nebyla tímto způsobem přiřazena žádná funkce (tab. 1 a 2). Všechny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční podobnost s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů K, Twort a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou rozdílných formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Frakce s vyšší molekulovou hmotností (~64 kDa) odpovídá kompletnímu proteinu, zatímco frakce s molekulovou hmotností ~35 kDa představuje fragmenty tohoto proteinu o přibližně stejné hmotnosti. Tyto změny ve struktuře proteinu mohou souviset s kontrakcí bičíkové pochvy, jak bylo pozorováno u fága LP65. Závěr: Vtéto práci byl poprvé charakterizován proteom standardního typu bakteriofága 812. Celkem bylo identifikováno 13 proteinů. V jedenácti případech jde pravděpodobně o strukturní proteiny, ve dvou případech není funkce proteinů známa. Byla vysvětlena neobvyklá migrace hlavního bičíkového proteinu. Rozdíly v rozmezí hostitele příbuzných polyvalentních fágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info