Informace o publikaci
General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility
| Název česky | General base katalýza štěpení aktivním cytosinem HDVr: QM/MM výpočty prokazují chemickou proveditelnost |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2008 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Journal of Physical Chemistry B |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Biofyzika |
| Klíčová slova | quantum chemistry; molecular mechanical calculation; HDVr |
| Popis | Studium nukleotidu C75 v aktivním místě při samoštěpící reakci HDVr. K tomuto účelu byly provedeny kvantově chemické a molekulově mechanické výpočty. Výpočty ukazují, že C75 může snadno fungovat jako general base ve shodě s hydratovaným hořečnatým iontem jako general acid. Vypočtená energetická bariera pro navržený mechanismus (minus20 kcal/mol) by snížila reakční barieru o minus15 kcal/mol ve srovnání s nekatalyzovanou reakcí a je v dobré shodě s experimentálními daty. |
| Související projekty: |