Informace o publikaci

Correlated evolution of LTR retrotransposons and genome size in the genus Eleocharis

Název česky Korelovaná evoluce LTR retrotranspozonů a velikosti genomu v rodě Eleocharis
Autoři

ZEDEK František ŠMERDA Jakub ŠMARDA Petr BUREŠ Petr

Rok publikování 2010
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj BMC Plant Biology
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www http://www.biomedcentral.com/1471-2229/10/265/
Obor Botanika
Klíčová slova genome size evolution; retrotransposon dynamics; Cyperaceae; phylogeny
Popis Transpozony (TES) jsou zodpovědné za změny velikosti genomu a genetické variability popř. fenotypové plasticity u eukaryot. Většina znalostí o TES pochází z velkých genomových projektů modelových organismů. Dynamika TE mezi příbuznými taxony v přírodních populacích, kde se spolupůsobí rovněž polyploidie a chromozomální přestavby, zůstává posud nepochopena. Zaměřili jsme se na holokinetický rod Eleocharis (Cyperaceae), vykazující velké rozdíly ve velikosti genomu. Zjistili jsme pozitivní korelaci mezi nezávislými fylogenetické kontrasty a velikosti genomu a počtem chromozomů u Eleocharis.. Pomocí real-time PCR a dot blot metod, jsme zjistili zvyšující se hustotu Ty1-Copia u evolučně mladších druhů Eleocharis a našli pozitivní korelaci mezi Ty1-Copia hustoty a velikostí chromosomů. Kromě toho, naše analýza Ty1-Copia sekvencí identifikovala podrodinu retrotransposon Helos1, která je především zodpovědná za celkové zvýšení hustoty Ty1-Copia. Naše výsledky také potvrzují výskyt jak polyploidie tak agmatoploidie/symploidie v rodu Eleocharis.
Související projekty: