Project information
Transkripční továrny v regulaci long-range interakcí embryonálních kmenových buněk (Transkripční továrny/EHSc)

Chromatin je v buněčném jádře organizován nenáhodně a tkáňově specificky. Kondenzovaný chromatin se v jádře nachází preferenčně na hranicích jadérek a v oblastech jaderné periferie. Zde se heterochromatin váže na proteiny jaderné laminy a tím napomáhá organizaci chromozomů během interfáze buněčného cyklu. Naopak role dekondenzovaného, aktivního chromatinu v jaderné organizaci není plně prozkoumána. Geny, které jsou aktivovány stejnými transkripčními faktory, se v jádře vyskytují ve vzájemné blízkosti, nezávisle na jejich genomové lokalizaci. Tento jev, známý jako long-range interakce, vede v krajních případech k tvorbě genomových nebo chromozomálních translokací. Jedním z možných faktorů, které se podílí na imobilizaci aktivních genomových oblastí, jsou místa s vysokou koncentrací transkripčních faktorů, tzv. transkripční továrny. Popis vzniku a dynamiky long-range interakcí nám pomůže pochopit mechanismus tvorby tkáňově specifických genomových translokací.
Organizace chromatinu u embryonálních kmenových buněk (ESC) je dynamická, s vysokým podílem transkripčně aktivního euchromatinu. Právě tyto aktivní genomové oblasti byly identifikovány jako organizační jednotky chromatinu v jádrech ESC. Cílem našeho projektu bude sledovat long-range kooperace mezi zesilovačem genu POU5F1 s vybranými geny v lidských ESC na úrovni jednotlivých buněk a popsat dynamiku tvorby long-range interakcí v závislosti na typu ESC linie a pasáži. Následně pomocí inhibitorů RNA Polymerázy II určíme roli transkripčních továren v tomto procesu.