Publication details

Celogenomové restrikční mapování u vybraných zástupců rodu Treponema.

Authors

MIKALOVÁ Lenka STROUHAL Michal ČEJKOVÁ Darina ZOBANÍKOVÁ Marie POSPÍŠILOVÁ Petra NORRIS S. J. SODERGREN E. WEINSTOCK G. M.

Year of publication 2010
Type Conference abstract
MU Faculty or unit

Faculty of Medicine

Citation
Description Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je původce sexuálně přenosného onemocnění syfilis, T. pallidum subsp. pertenue (TPE) a T. pallidum subsp. endemicum (TEN) způsobují nevenerická onemocnění yaws a endemickou syfilis. Jmenované patogeny nelze kultivovat ani morfologicky či serologicky odlišit. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Cílem této práce bylo tyto genomové rozdíly identifikovat. Technikou whole genome fingerprinting (WGF) bylo porovnáváno celkem 8 kmenů Treponema pallidum. Jednalo se o 4 TPA kmeny – Nichols, DAL-1, Mexico A, SS14; 3 TPE kmeny – Samoa D, CDC-2, Gauthier a jeden taxonomicky nezařazený kmen Fribourg-Blanc izolovaný z paviána. Metodou WGF byla stanovena příbuznost a délka genomů studovaných kmenů. Délka genomů je velmi podobná (1039,2 – 1040,9 kb), sekvenční shoda přesahuje 99,5 %. I přes vysokou sekvenční shodu lze TPA a TPE kmeny navzájem odlišit v 6 oblastech, kde byly nalezeny 4 delece (33 – 377 bp) a 2 inzerce (52 bp a 377 bp) oproti TPA kmenům. Opičí izolát Fribourg-Blanc se v těchto oblastech sekvenčně podobá TPE kmenům. Detegovaných změn lze využít v molekulární diagnostice onemocnění yaws a syfilis, především v oblastech, kde se tato onemocnění vyskytují současně. V genech TP0433-434 a TP0470 byla zjištěna přítomnost repetitivních sekvencí, přičemž počet repeticí je kmenově specifický. U kmenů Nichols, Samoa D, DAL-1, Gauthier, CDC-2 a Fribourg-Blanc byly identifikovány unikátní sekvenční změny, které lze použít v diagnostice a epidemiologii. Většina objevených sekvenčních změn se nachází v tpr genech, které pravděpodobně ovlivňují patogenezi treponemálních infekcí.
Related projects:

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.

More info