Project information

Struktura a dynamika 45S rDNA lokusů v Arabidopsis thaliana

Project Identification
LH15189
Project Period
11/2015 - 12/2017
Investor / Pogramme / Project type
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology

Navrhovaný projekt si klade za cíl
1) Popsat strukturu obou chromozomálních 45S rDNA lokusů z hlediska uspořádání aktivních a neaktivních variant 45S rDNA. Analyzovat proximální a distální hraniční oblasti 45S rDNA lokusů.
2) Zjistit, zda u fas mutant dochází k preferenční ztrátě některého z 45S rDNA lokusů, a jak se případně za těchto okolností chová druhý lokus. U revertantů zjistit, zda se rDNA kopie akumulují preferenčně na některém z lokusů
3) Identifikovat genetické a epigenetické faktory determinující diferenciální expresi a časování replikace variant 45S rDNA
Splnění těchto cílů objasní, které faktory destabilizují 45S rDNA lokusy, a zda existují příčinné souvislosti mezi nimi, a faktory podílejícími se na pozorovaném přeprogramování exprese 45S rDNA u fas nebo rad51b mutant. V obecné rovině tak projekt přispěje k pochopení role genetických a epigenetických faktorů při udržování genetické stability vysoce rekombinogenních rDNA lokusů.
Metodika řešení bude zahrnovat postupy dobře zavedené na zúčastněných pracovištích (pulsní gelová elektroforéza a Southernova hybridizace, fluorescenční hybridizace in situ - FISH, ChIP-sequencing, bisulfitové sekvenování DNA, RT-qPCR a qPCR). Díky tomu je dosažení cílů projektu reálné i v rámci poměrně náročného časového plánu řešení v období listopad 2015 - prosinec 2017.

Publications

Total number of publications: 4