Project information

Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

Investor logo
Project Identification
GA16-06096S
Project Period
1/2016 - 12/2018
Investor / Pogramme / Project type
Czech Science Foundation
MU Faculty or unit
Faculty of Science
Cooperating Organization
J. Heyrovský Institute of Physical Chemistry of the ASCR, v. v. i.

Enzymy jsou velmi účinné a specifické přírodní katalyzátory. Jejich aktivní místa jsou často pohřbena
uvnitř jejich středu a spojeny se solventem skrze transportní cesty – tunely. Geometrie,
fyzykálně-chemické vlastnosti a dynamika tunelů určuje rychlost, s jakou se vyměňují ligandy mezi
aktivním místem a solventem. Tento proces často limituje celkovou účinnost katalýzy. Cílem projektu je
zavést nové metody ke studiu vlastností a dynamiky tunelů relevantních pro funkci enzymů. V rámci
řešení projektu nejprve připravíme sadu simulací molekulové dynamiky enzymů, pro které jsou
relevantní tunely známé. Následně vyvineme automatický postup a software schopný efektivně
analyzovat dynamiku tunelů, které použijeme k analýze široké škály enzymů. Za účelem další validace
postupu, vytvoříme nové fluorescenční techniky vhodné ke studiu relevance a dynamiky tunelů. Tyto
analýzy rozšíří naše znalosti o vlastnostech tunelů, které řídí transportní procesy v enzymech.
Shromážděné příklady umožní další výzkum zabývající se významem tunelů pro proteinové inženýrství a vývoj inhibitorů.

Publications

Total number of publications: 13


Previous 1 2 Next