Project information
ExTraMD - Služba pro efektivní prodlužování simulací molekulové dynamiky v latentním prostoru

Projekt se zaměřuje na využití metod strojového učení a latentních prostor pro efektivní sbližování dynamiky molekulových systémů ze simulací molekulové dynamiky. Vychází z teorie transferových operátorů, které umožňují redukci dimenzionality dynamiky systému při zachování jeho klíčových vlastností. Na základě relativně krátkých vstupních trajektorií budou trénované modely schopny generovat prodloužené trajektorie v latentním prostoru. Výsledkem bude praktická a automatizovaná aplikace běžící na infrastruktuře e-INFRA CZ, která umožní uživatelům snadno nahrát vlastní data, natrénovat model a získat rozšířené simulace. Nástroj bude integrován se stávajícími službami pro molekulovou dynamiku a datovými repozitáři, čímž podpoří efektivnější analýzu, sdílení a opětovné využití simulačních dat v akademickém prostředí.
V rámci projektu budou trénovány neuronové sítě výhradně na výpočetní infrastruktuře e-INFRA CZ. Při návrhu architektur modelů čerpáme inspiraci ze stávajících implementací (např. https://github.com/hsidky/srv/tree/newgen/), které slouží jako metodický referenční základ. Vstupní trajektorie ani odvozená data nebudou odesílány mimo tuto infrastrukturu ani sdíleny se třetími stranami. Celý proces zpracování dat, tréninku modelů a generování výstupů probíhá v zabezpečeném prostředí e-INFRA CZ