Project information
Module for managing and integrating flow cytometry data from laboratory instruments

Flow cytometrická data jsou v současnosti zpracovávána na měřicích přístrojích prostřednictvím komerčních softwarů, které nezaznamenávají provenienci zpracování a neumožňují reprodukovatelnost analýz. Data nahrána do repozitáře v takové podobě by
nesplňovala principy FAIR, zejména požadavky na reprodukovatelnost a interoperabilitu. Repozitář OmiCZ dosud postrádá nástroj pro standardizovaný příjem, kontrolu kvality a FAIR integraci flow cytometrických dat.
Výstupem minizáměru je softwarový balík FloCIK (Flow Cytometrický Integrační Klient), zahrnující metadatový model vycházející ze standardů MIFlowCyt a Gating-ML, grafické uživatelské rozhraní pro zadávání a správu metadat s pseudonymizací vzorků a vizualizací QC, systém paralelního víceúrovňového importu datových vrstev pro spektrální i konvenční průtokovou cytometrii včetně gating strategií a automatizovaný konektor pro nahrávání kompletních FAIR datasetů do OmiCZ. Software bude navržen jako modulární systém v prostředí Kubernetes.
Minizáměr je realizován po dobu 18 měsíců ve třech vzájemně se překrývajících fázích. Od prvního měsíce realizace pracuje po celých 18 měsíců expert 1, který analyzuje datové potřeby flow cytometrických přístrojů a pracovních postupů cílové komunity,
mapuje požadavky na metadatový model a komunitní standardy, navrhuje celkovou architekturu modulu FloCIK a je po celou dobu realizace hlavní osobou zajišťující koordinaci mezi vývojovými a kurátorskými pracemi, komunikaci se stakeholdery z komunity cytometristů a organizaci uživatelského testování. Od třetího měsíce nastupuje expert 2 (do konce projektu, celkem 16 měsíců), který na základě požadavků definovaných expertem 1 implementuje všechny softwarové komponenty FloCIK – GUI, systém paralelního importu datových vrstev, zpracování gating strategií a konektor pro OmiCZ – a zajišťuje jejich integraci do modulárního systému v prostředí Kubernetes včetně zpracování technické dokumentace. Od pátého měsíce nastupuje expert 3 (do konce projektu, celkem 14 měsíců), který se věnuje kurátorství dat a testování – konkrétně participuje na implementaci specifikace metadatového modelu a řízeného slovníku, vytváří testovací datové sady, validuje FAIR kvalitu výstupních dat importovaných prostřednictvím FloCIK a vyhodnocuje výsledky testovacích běhů jako vstup pro iterativní zpřesňování výstupu.