Publication details
Ribotypizace a fenotypová charakteristika kmenů rodu Xenorhabdus
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2004 |
| Type | Article in Proceedings |
| Conference | 23. kongres Československé společnosti mikrobiologické, příloha Bulletinu Československé společnosti mikrobiologické, č.45 |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Keywords | Xenorhabdus; ribotypizace |
| Description | Z entomopatogenní hlístovky Steinernema feltiae (kmen Prosenice) byly izolovány dvě gramnegativní fermentující tyčky, deponované v České sbírce mikroorganismů PřF MU pod čísly CCM 7003 a CCM 7004. Na základě fenotypových charakteristik (komerční identifikační sety, konvenční testy) byly oba izoláty zařazeny do rodu Xenorhabdus. Protože se jednalo o první záchyt xenorhabdů z České republiky, byly tyto izoláty podrobně studovány ribotypizací a fenotypizací a srovnány s typovými kulturami všech druhů rodu Xenorhabdus (X. beddingii, X. bovienii, X. japonica, X. nematophila a X. poinarii). Pro studium biotypizace byly použity komerční identifikační sety (ENTEROtest 24, API 20E, API 20 NE, API 50CH) spolu s dodatkovými růstovými testy. Srovnání proteinového spektra testovaných bakteriálních kultur bylo provedeno metodou SDS-PAGE. Podařilo se prokázat více než 40 proteinových frakcí v rozmezí 6,5 200 kDa se signifikantními rozdíly mezi jednotlivými druhy. Na základě fenotypových charakteristik a proteinových spekter byly izoláty CCM 7003 a CCM 7004 identifikovány jako X. bovienii. Ribotypizací pomocí restrikčních enzymů EcoRI a HindIII a sondou komplementární k 16S a 23S rRNA izolované z E. coli, byly studované kmeny xenorhabdů rozděleny do druhově odlišných ribotypů (program GelCompar II) s výjimkou kmenů CCM 7003 a CCM 7004. Shodný ribotyp těchto dvou kultur prokázal, že se jedná o dva izoláty jednoho kmene. Dendrogram ribotypů studovaných xenorhabdů se shodoval s fenotypovou klasifikací a potvrdil fylogenetickou příbuznost izolátů s druhem X. bovienii při použití obou restrikčních enzymů. Ribotypizace tak může být vhodnou metodou při klasifikaci obtížně kultivovatelných či málo známých taxonů prokaryot. |