Project information

Nové koncepty a nástroje pro racionální design enzymů

Project Identification
LH14027
Project Period
4/2014 - 12/2016
Investor / Pogramme / Project type
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
MU Faculty or unit
Faculty of Science
Cooperating Organization
Rutgers, The State University of New Jersey

Cílem projektu bude vývoj nového konceptu pro racionální inženýrství enzymů, jeho experimentální validace a implementace do softwarového nástroje. Koncept propojí de novo design aktivního místa s designem transportních cest. Design aktivních míst bude realizován programem Rosetta, design transportních cest nově vyvinutým programem využívajícím algoritmy softwarů Caver i Rosetta. Bude napsán počítačový kód, který zajistí komunikaci obou programů a umožní tak modelovat energeticky výhodné konformace části proteinu tvořící přístupové cesty a kvantitativně analyzovat parametry přístupových cest. Koncept bude implementován do počítačového kódu a použit k designu proteinů s racionálně upravenými přístupovými cestami a bránami. Navržené proteiny budou experimentálně konstruovány a popsány detailní biochemickou charakterizací. Získaná data a znalosti budou využity k validaci konceptu a jeho dalšímu vylepšení. Výstupem tříletého projektu bude nový koncept inženýrství proteinů, mutantní formy proteinů s vylepšenými vlastnosti, publikace popisující získané výsledky a jejich interpretaci a softwarový nástroj pro design tunelů a brán v proteinech.

Publications

Total number of publications: 10


You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.

More info