Project information
Faktory genomové stability u mechu a vyšších rostlin
- Project Identification
- GA16-01137S
- Project Period
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Science
- prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
- Mgr. Kateřina Havlová, Ph.D.
- Mgr. Veronika Pavlištová, Ph.D.
- Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D.
- RNDr. Dagmar Zachová
- Cooperating Organization
-
Institute of Experimental Botany of the ASCR, v. v. i.
- Responsible person RNDr. Karel J. Angelis, CSc.
- Responsible person Mgr. Marcela Holá, Ph.D.
- Responsible person Bc. Radka Vágnerová
Nestabilita genomu a oprava DNA jsou aktuálními tématy výzkumu vzhledem k jejich těsnému spojení s procesy patogeneze, senescence, evoluce druhů nebo šlechtění rostlin. Zde navrhujeme komparativní zkoumání faktorů stability genomu u Physcomitrella patens a Arabidopsis thaliana k objasnění zúčastněných kontrolních mechanismů a k jejich rozlišení na specifické a obecné (konzervované mezi těmito evolučně vzdálenými rostlinnými druhy s rozdílnou účinností způsobů opravy zlomů v DNA). K řešení projektu bude využito kombinace molekulárně-biologických nástrojů vyvinutých u obou modelových organismů, včetně dostupných mutant, inovovaných genomických zdrojů, společně s obecnými metodami analýzy DNA-proteinových a protein-proteinových interakcí a dynamiky telomer. Současná zkušenost obou zúčastněných týmů se spoluprací na předchozím projektu, stejně jako znalosti a metodické zkušenosti vytvořené při řešení předchozího projektu budou aplikovány pro dosažení cílů navrženého projektu.
Cíle projektu:
1. Určit interakce komponent SMC a MRN komplexů při opravě DNA
2. Popsat roli chromatin assembly faktoru 1 v udržování telomer a opravě DNA
3. Objasnit úlohu TRB proteinů v syntéze telomer a opravě DNA u rostlin
4. Zjistit funkci RAD51 v údržbě telomer u mechu
Publications
Total number of publications: 12
2019
-
Roles of RAD51 and RTEL1 in telomere and rDNA stability in Physcomitrella patens
Plant Journal, year: 2019, volume: 98, edition: 6, DOI
-
Telomeres in Plants and Humans: Not So Different, Not So Similar
Cells, year: 2019, volume: 8, edition: 1, DOI
-
The plant Pontin and Reptin homologues, RuvBL1 and RuvBL2a, colocalize with TERT and TRB proteins in vivo, and participate in telomerase biogenesis
The Plant Journal, year: 2019, volume: 98, edition: 2, DOI
2018
-
Transgenerational phenotype aggravation in CAF-1 mutants reveals parent-of-origin specific epigenetic inheritance
New Phytologist, year: 2018, volume: 220, edition: 3, DOI
-
Visualization of the Nucleolus Using Ethynyl Uridine.
Frontiers in Plant Science, year: 2018, volume: 9, edition: FEB, DOI
2017
-
BAL31-NGS approach for identification of telomeres de novo in large genomes
Methods, year: 2017, volume: 114, edition: FEB, DOI
-
Evolutionarily Distant Streptophyta Respond Differently to Genotoxic Stress
GENES, year: 2017, volume: 8, edition: 11, DOI
-
What Has Been Seen Cannot Be Unseen - Detecting Auxin In Vivo
International Journal of Molecular Sciences, year: 2017, volume: 18, edition: 12, DOI
2016
-
Identification of Nucleolus-Associated Chromatin Domains Reveals a Role for the Nucleolus in 3D Organization of the A. thaliana Genome
Cell Reports, year: 2016, volume: 16, edition: 6, DOI
-
Phenotypic reversion in fas mutants of Arabidopsis thaliana by reintroduction of FAS genes: variable recovery of telomeres with major spatial rearrangements and transcriptional reprogramming of 45S rDNA genes
Plant Journal, year: 2016, volume: 88, edition: 3, DOI