Project information

Profiling DNA structure and DNA ligand interactions inside nuclei of live mammalian cells by in-cell NMR spectroscopy.

Project Identification
MUNI/E/0771/2018
Project Period
10/2018 - 9/2019
Investor / Pogramme / Project type
Masaryk University
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology

DNA představuje významný cíl pro vývoj léčiv. V současné době je vývoj DNA vázajících ligandů založen na charakterizaci interakce DNA-ligand za podmínek in vitro, pomocí nespecifických biologických přístupů in vivo, případně na studiu daných interakcí in silico. Biologické metody jsou účinným nástrojem pro studium celkové biologické účinnosti ligandu, nicméně s jejich pomocí je prakticky nemožné spojit biologický fenotyp vyvolaný ligandem s charakterizací interakce mezi ligandem a cílovou molekulou. In vitro a in silico metody sice umožňují detailní charakterizaci interakce DNA ligand, včetně struktury komplexu, stanovení vazebné afinity nebo termodynamické stability komplexu, nicméně tyto přístupy zcela opomíjejí vliv ostaních faktorů, přítomných ve vnitrobuněčném prostředí, na interakci mezi léčivem a cílovou molekulou.
V předložené práci ukazujeme, že je možné skloubit výhody biologického přístupu (tj. monitorování interakce ve fyziologicky relevatním komplexním prostředí) s výhodami in vitro/in silico přístupů (tj. kvantitativních charakterizací interakcí DNA-lečivo) pomocí technologie vyvinuté v naší laboratoři, jmenovitě, tzv. in-cell NMR (Nukleární Magnetická Rezonance) spektroskopie, která umožňuje studovat DNA oligonukleotidy a jejich komplexy s nízkomolekulárními ligandy na úrovni atomárního rozlišení v jádrech živých lidských buněk.

Publications

Total number of publications: 1