Host microbiome in relation to Barrett ´s esophagus and esophageal adenocarcinoma development
- Project Identification
- NU20-03-00126
- Project Period
- 5/2020 - 12/2023
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
- Subprogram 1 - standard
- MU Faculty or unit
- Faculty of Medicine
- Other MU Faculty/Unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
University Hospital Olomouc
- Responsible person Doc. MUDr. Ondřej Urban, Ph.D.
- Responsible person MUDr. Tomáš Haruštiak, Ph.D.
- Responsible person prof. MUDr. Robert Lischke, Ph.D.
- Responsible person Štěpán Hlava
- Responsible person doc. MUDr. Jiří Dolina, Ph.D.
- Responsible person doc. MUDr. Vladimír Procházka, Ph.D.
- Responsible person prof. MUDr. Zdeněk Kala, CSc.
- Responsible person doc. MUDr. Radek Kroupa, Ph.D.
- Responsible person MUDr. Tomáš Grolich, Ph.D.
- Responsible person doc. MUDr. Lumír Kunovský, Ph.D.
- Responsible person Zdeněk Pavlovský
Hostitelský mikrobiom spolu s genetickou predispozicí jedince jsou důležitými faktory
v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem projektu je determinace markerů na úrovni mikrobiomu, genů hostitele a jejich interakcí pro časnější diagnostiku a predikci rozvoje BE a EAC.
Projekt obsahuje 3 části: (1) analýzu metagenomu a metatranskriptomu v několika lokalitách
gastrointestinálního traktu (GIT) u pacientů s GERD, (2) analýzu hostitelského exomu a transkriptomu ve tkáni jícnu u pacientů s BE/EAC, a (3) analýzu genetického profilu pacientů s GERD a jeho komplikacemi. Mutace v exomu/genomu pacienta a míra exprese genů ve tkáni jícnu budou korelovány s mikrobiomem a jeho funkční aktivitou v GITu a klinickým nálezem doplněným o in vivo endomikroskopii.
Na základě získaných dat se pokusíme navrhnout modifikaci standardního režimu péče o pacienty s GERD s cílem předejít pokročilým a ireverzibilním změnám snižujícím kvalitu života pacientů, resp. ohrožujících je na životě.
Publications
Total number of publications: 20
2023
-
Asociace tkáňové exprese miR-196a s Barrettovým jícnem a adenokarcinomem jícnu
Year: 2023, type: Conference abstract
2022
-
Achalasia and acromegaly: co-incidence of these diseases or a new syndrome?
Biomedical Papers, year: 2022, volume: 166, edition: 2, DOI
-
CYP2C19 Gene Profiling as a Tool for Personalized Stress Ulcer Prophylaxis With Proton Pump Inhibitors in Critically Ill Patients-Recommendations Proposal
Frontiers in Medicine, year: 2022, volume: 9, edition: July 2022, DOI
-
Helicobacter analysis in gastric mucosa samples – comparison of two methodical approaches
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Lack of Association between Epidermal Growth Factor or Its Receptor and Reflux Esophagitis, Barrett’s Esophagus, and Esophageal Adenocarcinoma: A Case-Control Study
Disease Markers, year: 2022, volume: 2022, edition: August, DOI
-
Pharmacogenetics of proton pump inhibitors and prevalence of the CYP2C19*2 and *17 variants in the Central European population
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Specific carbohydrate substrates affected the growth of Bacillus cereus strain isolated from an environmental sample
Year: 2022, type: Conference abstract
-
The Use of Confocal Laser Endomicroscopy in Diagnosing Barrett’s Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma
Diagnostics, year: 2022, volume: 12, edition: 7, DOI
2021
-
Autoimmune Diseases of Digestive Organs - A Multidisciplinary Challenge: A Focus on Hepatopancreatobiliary Manifestation
Journal of Clinical Medicine, year: 2021, volume: 10, edition: 24, DOI
-
Elevated epidermal growth factor receptor levels in Barrett’s esophagus
Year: 2021, type: Conference abstract