Project information
Host microbiome in relation to Barrett ´s esophagus and esophageal adenocarcinoma development
- Project Identification
- NU20-03-00126
- Project Period
- 5/2020 - 12/2023
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
- Subprogram 1 - standard
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Medicine
- doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
- Ing. Vojtěch Bartoň
- Mgr. Jan Böhm
- Tina Catela Ivković, PhD
- prof. MUDr. Lydie Izakovičová Hollá, Ph.D.
- doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
- Mgr. Adam Majer
- Mgr. Natálie Mlčůchová
- Mgr. Terezie Slámová
- Mgr. Jana Šístková, Ph.D.
- Mgr. Kateřina Vyklická, Ph.D.
- Other MU Faculty/Unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
University Hospital Olomouc
- Responsible person Doc. MUDr. Ondřej Urban, Ph.D.
- Responsible person MUDr. Tomáš Haruštiak, Ph.D.
- Responsible person prof. MUDr. Robert Lischke, Ph.D.
- Responsible person Štěpán Hlava
- Responsible person doc. MUDr. Jiří Dolina, Ph.D.
- Responsible person doc. MUDr. Vladimír Procházka, Ph.D.
- Responsible person prof. MUDr. Zdeněk Kala, CSc.
- Responsible person doc. MUDr. Radek Kroupa, Ph.D.
- Responsible person MUDr. Tomáš Grolich, Ph.D.
- Responsible person doc. MUDr. Lumír Kunovský, Ph.D.
- Responsible person Zdeněk Pavlovský
Hostitelský mikrobiom spolu s genetickou predispozicí jedince jsou důležitými faktory
v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem projektu je determinace markerů na úrovni mikrobiomu, genů hostitele a jejich interakcí pro časnější diagnostiku a predikci rozvoje BE a EAC.
Projekt obsahuje 3 části: (1) analýzu metagenomu a metatranskriptomu v několika lokalitách
gastrointestinálního traktu (GIT) u pacientů s GERD, (2) analýzu hostitelského exomu a transkriptomu ve tkáni jícnu u pacientů s BE/EAC, a (3) analýzu genetického profilu pacientů s GERD a jeho komplikacemi. Mutace v exomu/genomu pacienta a míra exprese genů ve tkáni jícnu budou korelovány s mikrobiomem a jeho funkční aktivitou v GITu a klinickým nálezem doplněným o in vivo endomikroskopii.
Na základě získaných dat se pokusíme navrhnout modifikaci standardního režimu péče o pacienty s GERD s cílem předejít pokročilým a ireverzibilním změnám snižujícím kvalitu života pacientů, resp. ohrožujících je na životě.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 38
2025
-
A Novel Compositional Dissimilarity Index for Microbiome Data: Application to Human Gastrointestinal Tract Samples
Year: 2025, type: Conference abstract
-
Altered Streptococcus to Prevotella ratio in inflammatory changed esophageal tissues: a metagenomic observational study
Year: 2025, type: Conference abstract
-
Low Streptococcus/Prevotella ratio in esophageal tissue associated with esophageal adenocarcinoma
Year: 2025, type: Conference abstract
2024
-
Genetické a negenetické faktory asociované s metabolizací lansoprazolu pro personalizaci farmarmakologické profylaxe acidopeptických chorob
Year: 2024, type: Conference abstract
-
Microbiome and pharmacotherapy in patients with gastrointestinal disorders
Year: 2024, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Microbiome and pharmacotherapy in patients with gastrointestinal disorders
Year: 2024, type: Conference abstract
-
Multi-omic integration of four datasets: Insights into barrett´s esophagus and esophageal carcinoma
Year: 2024, type: Conference abstract
-
Porovnání mutační zátěže u pacientů s Barrettovým jícnem a adenokarcinomem jícnu
Year: 2024, type: Appeared in Conference without Proceedings
2023
-
16S rRNA gene primer choice impacts off-target amplification in human gastrointestinal tract biopsies and microbiome profiling
Nature Scientific Reports, year: 2023, volume: 13, edition: 1, DOI
-
Asociace tkáňové exprese miR-196a s Barrettovým jícnem a adenokarcinomem jícnu
Year: 2023, type: Conference abstract