Project information
ELIXIR-CZ: Budování kapacit
(ELIXIR-CZ)
- Project Identification
- CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001777 (kod CEP: EF16_013/0001777)
- Project Period
- 5/2017 - 4/2021
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
- Operational Programme Research, Development and Education
- Priority axis 1: Strengthening capacities for high-quality research
- MU Faculty or unit
- Institute of Computer Science
- Other MU Faculty/Unit
-
Central European Institute of Technology
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
- doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
- Mgr. Romana Gáborová
- Mgr. Veronika Horská
- Mgr. Vladimír Horský, Ph.D.
- Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D.
- Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
- RNDr. David Sehnal, Ph.D.
- Cooperating Organization
-
Institute of Microbiology of the ASCR, v. v. i.
CESNET
Prague Institute of Chemical Technology
Biological Centre of the ASCR, v. v. i.
Institute of Biotechnology CAS
Primárním cílem projektu ELIXIR-CZ: Budování kapacit je pořízení a správa výpočetních a úložných kapacit a odpovídajícího programového zázemí výzkumné infrastruktury ELIXIR CZ. Pravidelnými každoročními investicemi bude vytvořeno technické i programové zázemí, určené specificky pro výzkumnou komunitu věd o živé přírodě v rámci ČR. Tato e-infrastruktura rovněž podpoří zapojení ČR do mezinárodních aktivit, a to jak v projektu ELIXIR EXCELERATE, tak v celé řadě implementačních a pilotních aktivit mezinárodní komunity ELIXIR. Souběžným cílem bude podpora a realizace tří tzv. in house podprojektů, z nichž jeden je zakotven na MU (CEITEC), další dva pak v partnerských organizacích (Biologické centrum. Biotechnologický a Mikrobiologický ústav AV ČR a VŠCHT. V rámci těchto projektů bude probíhat výzkum na jedné straně dále rozvíjející vlastní infrastrukturu ELIIXIR-CZ. Současně i demonstrující její přínos při podpoře vlastního výzkumu. Konkrétně takto budou podpořeny podprojekty Annotation and validation of macromolecular structure in PDB and EMDB archives, Implementace analýz dlouhých sekvenačních čtení do bioinformatického nástroje RepeatExplorer a jejich aplikace na strukturní analýzu vysoce repetitivních oblastí genomů rostlin (BC) a Platforma pro analýzu strukturně funkčních vztahů nukleových kyselin (VŠCHT, BTÚ a MBÚ).
Publications
Total number of publications: 16
2019
-
Automated family-wide annotation of secondary structure elements
Protein supersecondary structures: Methods and protocols, edition: Vyd. Second Edition, year: 2019, number of pages: 25 s.
-
Rapidly Display Glycan Symbols in 3D Structures: 3D-SNFG in LiteMol
Journal of Proteome Research, year: 2019, volume: 18, edition: 2, DOI
-
ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user
Bioinformatics, year: 2019, volume: 35, edition: 24, DOI
-
ValTrendsDB: Database of biomacromolecular structure validation trends
Year: 2019
2018
-
MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)
Nucleic Acids Research, year: 2018, volume: 46, edition: W1, DOI
2017
-
LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data
Nature Methods, year: 2017, volume: 14, edition: 12, DOI