Project information

Benchmarking of algorithms for cell segmentation and tracking

Investor logo
Project Identification
LTC17016
Project Period
8/2017 - 4/2020
Investor / Pogramme / Project type
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
MU Faculty or unit
Faculty of Informatics

Benchmarking algoritmů používaných při analýzách biologických obrazových dat se stal během několika posledních let jednou z hlavních priorit v biologickém zobrazování a také jednou z hlavních aktivit akce COST NEUBIAS, kde se mu věnuje skupina WG5. Jelikož skupina řešitele se danému tématu věnuje dlouhodobě a je v dané komunitě známá především díky zavádění benchmarkingu algoritmů segmentace a sledování buněk, navazuje předkládaný projekt na tyto aktivity, a to právě v rámci skupiny COST NEUBIAS WG5, do níž se řešitel i jeho zahraniční spolupracovníci již zapojili. V plánu je rozšířit benchmarking o další typy vstupních dat, rozšířit databázi testovacích obrazových dat, a to jak anotovaných reálných, tak i syntetických se známou správnou odpovědí (tzv. ground truth), a v neposlední řadě vytvořit webové rozhraní pro benchmarking v dané oblasti. Tím předkládaný projekt poskytne pomoc vývojářům i uživatelům metod analýzy biologických obrazových dat a pomůže prohloubit existující spolupráci se zahraničními partnery a naplnit poslání akce COST NEUBIAS.

Publications

Total number of publications: 4