Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
- Project Identification
- GJ20-15915Y
- Project Period
- 1/2020 - 12/2022
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Junior projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.
Publications
Total number of publications: 4
2021
-
FireProt(DB): database of manually curated protein stability data
Nucleic acids research, year: 2021, volume: 49, edition: D1, DOI
-
Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock
Protein-Ligand Interactions and Drug Design, year: 2021, number of pages: 20 s.
-
SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli
Bioinformatics, year: 2021, volume: 37, edition: 1, DOI
2020
-
Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2020, volume: 18, edition: 2020, DOI