Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
- Project Identification
- GJ20-15915Y
- Project Period
- 1/2020 - 12/2022
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Junior projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.
Publications
Total number of publications: 14
2022
-
A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br
ACS Catalysis, year: 2022, volume: 12, edition: 11, DOI
-
Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases
BIOLOGY-BASEL, year: 2022, volume: 11, edition: 3, DOI
-
Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies
Biotechnology Advances, year: 2022, volume: 60, edition: November, DOI
-
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2022, volume: 20, edition: November 2022, DOI
-
Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase
Stroke, year: 2022, volume: 53, edition: 10, DOI
-
LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering
Nucleic acids research, year: 2022, volume: 50, edition: W1, DOI
-
SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2022, volume: 20, edition: November 2022, DOI
-
Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes
ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS, year: 2022, volume: 183, edition: April 2022, DOI
2021
-
FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction
Briefings in Bioinformatics, year: 2021, volume: 22, edition: 4, DOI
-
FireProt(DB): database of manually curated protein stability data
Nucleic acids research, year: 2021, volume: 49, edition: D1, DOI