Project information
Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
- Project Identification
- GJ20-15915Y
- Project Period
- 1/2020 - 12/2022
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Junior projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 18
2023
-
Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning
ACS Catalysis, year: 2023, volume: 13, edition: 19, DOI
-
pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support
-
sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, year: 2023, volume: 29, edition: 1, DOI
2022
-
A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br
-
Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases
-
Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies
-
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web
-
Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase
-
LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering
-
SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2022, volume: 20, edition: November 2022, DOI