Informace o projektu

Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech

Kód projektu
GJ20-15915Y
Období řešení
1/2020 - 12/2022
Investor / Programový rámec / typ projektu
Grantová agentura ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Přírodovědecká fakulta

Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.