Publication details

DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů

Title in English DDA, DIA, or directDIA: dependently, with library, or without? Practical comparison of approaches for different types of proteomics experiments
Authors

BOUCHAL Pavel LAPČÍK Petr FAKTOR Jakub POTĚŠIL David

Year of publication 2019
Type Appeared in Conference without Proceedings
MU Faculty or unit

Faculty of Science

Citation
Description Datově závislý sběr dat (data-dependent acquisition, DDA) je konvenční proteomickou akviziční technikou pro on-line kombinaci kapalinové chromatografie (LC) a hmotnostní-spektrometrie (MS). DDA-MS je postavena na výběru omezeného počtu nejintenzivnějších prekurzorových iontů v okamžiku jejich eluce a jejich fragmentaci. V posledních letech se dále intenzivně rozvíjí přístup na bázi datově nezávislého sběru dat (data independent acquisition, DIA), který je postaven na výběru prekurzorů v širokých oknech a jejich fragmentaci. Hlavní výhodou DIA je konzistentní peptidová kvantifikace ve studiích o velkém počtu vzorků, umožňující klasifikaci na základě proteotypů [1]. Zatímco klasický DIA přístup vyžaduje tvorbu spektrální knihovny, directDIA přístup postavený na algoritmu DIA Umpire zahrnuje databázové prohledávání z DIA dat [2]. Cílem prezentace bude porovnat výsledky aplikace těchto přístupů v různých typech proteomických experimentů. V rámci prezentace budou diskutovány výsledky tří studií: (i) budou srovnány výsledky měření souborů tkání nádorů prsu pomocí SuperSILAC, DIA a directDIA, (ii) budou srovnány výsledky z analýzy proteinových frakcí se SILAC-3plex značením pomocí DDA a direct-DIA, (iii) budou srovnány výsledky z funkčně-proteomického experimentu zaměřeného na studium úlohy desmocollinu-1 v buněčné linii odvozené od luminálního nádoru prsu pomocí DDA a directDIA. Data ukazují, že (direct)DIA je vysoce kompetitivní přístup ke konvenční DDA s label-free kvantifikací, kde dosahuje srovnatelného či lepšího pokrytí proteomu, navíc s výrazně konzistentnější kvantifikací v MS2 módu vedoucí ke kompletní datové matrici. To předurčuje DIA k analýze velkých souborů vzorků v klinickém a experimentálním výzkumu.
Related projects: