Project information

Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie

Investor logo
Project Identification
GA16-10504S
Project Period
1/2016 - 12/2018
Investor / Pogramme / Project type
Czech Science Foundation
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology

Nukleové kyseliny jsou polymorfní biopolymery jejichž struktura velmi citlivě reaguje na nespecifické
fyzikálně chemické parametry prostředí jako např. na pH, teplotu, aktivitu vody, tzv. „molecular crowding
“ nebo na povahu a koncentraci iontů. Tato vlastnost činí charakterizaci jejich fyziologicky relevantních
struktur, zejména v případě DNA, pomocí konvenčních difrakčních/spektroskopických metod značně
problematickou. V řadě případů je výsledná struktura pouze odrazem použitého experimentálního
uspořádání, popř. subjektivního výběru pufrovacího systému. Zde navrhujeme vývoj in-cell NMR
experimentů a schémat pro interpretaci in-cell NMR dat, které umožní určení struktur DNA a RNA v komplexním prostředí živých buněk. Souběžně s tím, navrhujeme přístup, založený na in-vivo/in-cell
NMR spektroskopii, směřující k formulaci pufrovacích systémů, které budou simulovat základní
parametry vnitrobuněčného prostředí. Pufrovací systémy, které budou vyvinuty, mohou sloužit jako
referenční podmínky při stereochemických studiích biopolymerů pomocí konvenčních spektroskopických technik.

Publications

Total number of publications: 9