Advanced molecular testing for aggregate diagnosis and management of DLBCL patients: engagement of gene expression profiling, liquid biopsy and long-read sequencing
- Project Identification
- NU22-08-00227
- Project Period
- 5/2022 - 12/2025
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
- Subprogram 1 - standard
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
University Hospital Brno-Bohunice
- Responsible person Doc. MUDr. Andrea Janíková, Ph.D.
Lymfomy patří mezi nádorová onemocnění se stoupající incidencí. Téměř polovinu nově diagnostikovaných lymfomů v ČR tvoří difuzní velkobuněčný B-lymfom (difuse large B-cell lymphoma; DLBCL), který se řadí mezi lymfomy s agresivním průběhem a včasná diagnostika je pro úspěch léčby klíčová. Základním diagnostickým přístupem zůstává histologické vyšetření, nicméně doplňkové molekulárně-biologické a cytogenetické metody významně napomáhají lepší prognostické stratifikaci pacientů. U DLBCL je pro stanovení prognózy a možnosti efektivnější terapie zásadní rozdělení na ABC nebo GCB subtyp podle toho, z jakých buněk lymfom vzniká, a také na tzv. double/triple hit lymfomy podle toho, zda nesou dvě nebo tři translokace zahrnující gen MYC a Bcl2 nebo Bcl6. Moderní alternativou pro monitorování průběhu onemocnění je využití tzv. tekuté biopsie a z ní izolované volné cirkulující DNA (cfDNA), která poskytuje komplexnější informace o nádoru než pouze analýza jedné postižené uzliny.
Cílem projektu je zavést pokročilé molekulárně-biologické metody, které by zpřesnily diagnostiku, prognózu a monitorování průběhu choroby u pacientů s DLBCL. Projekt zahrnuje tři dílčí úkoly: 1) metodické řešení pro rozlišení DLBCL pacientů do dvou prognosticky odlišných skupin (ABC a GCB skupina) na základě expresního profilu vybraných genů pomocí rychlé a přesné analýzy real-time PCR (qPCR); 2) možnosti využití cfDNA pro monitorování průběhu choroby a sledování minimální zbytkové choroby v plazmě a také v likvoru v případě agresivní DLBCL infiltrující do centrální nervové soustavy, kde je nemožné provést charakterizaci nádoru pomocí biopsie; 3) využití sekvenování třetí generace (Nanopore technologie), která umožňuje čtení dlouhých sekvencí, pro detekci translokací rozlišujících double/triple hit lymfomy.
V rámci projektu bude využíván biologický materiál od pacientů s DLBCL sledovaných a léčených ve FN Brno po podepsání informovaného souhlasu. Vzorky budou pseudonymizovány a osoba pracující s biologickým vzorkem na spolupracujícím pracovišti (CEITEC MU) tedy nebude schopna určit totožnost pacienta.
Očekáváme, že kombinace analýz provedených pomocí výše zmíněných metod umožní lepší stratifikaci pacientů s DLBCL, neinvazivní přístup pro sledování choroby z tekutých biopsií a možnost včasné intenzifikace léčby u rizikových pacientů nebo při relapsu onemocnění.
Publications
Total number of publications: 7
2022
-
CLLue: an interactive bioinformatic tool for data exploration, segregation, and important variables selection.
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Comparison of DNA and RNA-based approaches for the genetic characterization and stratification of patients with diffuse large B-cell lymphoma
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Integrated NGS testing and cfDNA analysis as an approach for aggregate tumor characterization and monitoring in a patient with aggressive lymphoma invading the central neural system.
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Korelácia chromozomálnych aberácií zistených metodou aCGH s expresiou vybraných génov u pacientov s difúznym vel´kobunkovým B-lymfómom.
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Long read targeted sequencing enables genomic analysis of translocation hotspots in lymphoproliferative diseases
Year: 2022, type: Conference abstract
-
LYNX: A web-based bioinformatic tool for targeted next-generation sequencing data analysis and visualization in lymphoid malignancies.
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Realita zapojení molekulárně biologických metod do diagnostiky a stratifikace lymfoproliferativních onemocnění.
Year: 2022, type: Conference abstract