Project information
Advanced molecular testing for aggregate diagnosis and management of DLBCL patients: engagement of gene expression profiling, liquid biopsy and long-read sequencing
- Project Identification
- NU22-08-00227
- Project Period
- 5/2022 - 12/2025
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
- Subprogram 1 - standard
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
University Hospital Brno-Bohunice
- Responsible person Doc. MUDr. Andrea Janíková, Ph.D.
Lymfomy patří mezi nádorová onemocnění se stoupající incidencí. Téměř polovinu nově diagnostikovaných lymfomů v ČR tvoří difuzní velkobuněčný B-lymfom (difuse large B-cell lymphoma; DLBCL), který se řadí mezi lymfomy s agresivním průběhem a včasná diagnostika je pro úspěch léčby klíčová. Základním diagnostickým přístupem zůstává histologické vyšetření, nicméně doplňkové molekulárně-biologické a cytogenetické metody významně napomáhají lepší prognostické stratifikaci pacientů. U DLBCL je pro stanovení prognózy a možnosti efektivnější terapie zásadní rozdělení na ABC nebo GCB subtyp podle toho, z jakých buněk lymfom vzniká, a také na tzv. double/triple hit lymfomy podle toho, zda nesou dvě nebo tři translokace zahrnující gen MYC a Bcl2 nebo Bcl6. Moderní alternativou pro monitorování průběhu onemocnění je využití tzv. tekuté biopsie a z ní izolované volné cirkulující DNA (cfDNA), která poskytuje komplexnější informace o nádoru než pouze analýza jedné postižené uzliny.
Cílem projektu je zavést pokročilé molekulárně-biologické metody, které by zpřesnily diagnostiku, prognózu a monitorování průběhu choroby u pacientů s DLBCL. Projekt zahrnuje tři dílčí úkoly: 1) metodické řešení pro rozlišení DLBCL pacientů do dvou prognosticky odlišných skupin (ABC a GCB skupina) na základě expresního profilu vybraných genů pomocí rychlé a přesné analýzy real-time PCR (qPCR); 2) možnosti využití cfDNA pro monitorování průběhu choroby a sledování minimální zbytkové choroby v plazmě a také v likvoru v případě agresivní DLBCL infiltrující do centrální nervové soustavy, kde je nemožné provést charakterizaci nádoru pomocí biopsie; 3) využití sekvenování třetí generace (Nanopore technologie), která umožňuje čtení dlouhých sekvencí, pro detekci translokací rozlišujících double/triple hit lymfomy.
V rámci projektu bude využíván biologický materiál od pacientů s DLBCL sledovaných a léčených ve FN Brno po podepsání informovaného souhlasu. Vzorky budou pseudonymizovány a osoba pracující s biologickým vzorkem na spolupracujícím pracovišti (CEITEC MU) tedy nebude schopna určit totožnost pacienta.
Očekáváme, že kombinace analýz provedených pomocí výše zmíněných metod umožní lepší stratifikaci pacientů s DLBCL, neinvazivní přístup pro sledování choroby z tekutých biopsií a možnost včasné intenzifikace léčby u rizikových pacientů nebo při relapsu onemocnění.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 14
2023
-
A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.
Year: 2023, type: Conference abstract
-
CLLue: Searching for connections among clinical, biological, and molecular features in the dataset of leukemia patients.
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Exploring patterns in clinical, biological, and molecular data of leukemia patients with CLLue.
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Genomic aberrations detected in circulating tumor DNA from cerebrospinal fluid and plasma of patients with primary and secondary CNS lymphomas with negative flowcytometry.
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Integrativní diagnostika u pacienta s agresivním lymfomem postihujícím centrální nervový systém: využití komplexního NGS panelu a analýzy cfDNA
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Volná cirkulující DNA a její potenciál v diagnostice a léčbě maligních lymfomů
Klinicka Onkologie, year: 2023, volume: 36, edition: 4, DOI
-
Web-based bioinformatic tool LYNX: LYmphoid NeXt-generation sequencing data analysis and visualization in hematological malignancies.
Year: 2023, type: Conference abstract
2022
-
CLLue: an interactive bioinformatic tool for data exploration, segregation, and important variables selection.
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Comparison of DNA and RNA-based approaches for the genetic characterization and stratification of patients with diffuse large B-cell lymphoma
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Integrated NGS testing and cfDNA analysis as an approach for aggregate tumor characterization and monitoring in a patient with aggressive lymphoma invading the central neural system.
Year: 2022, type: Conference abstract