Informace o projektu
Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace
- Kód projektu
- NU22-08-00227
- Období řešení
- 5/2022 - 12/2025
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026
- Podprogram 1 - standardní
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice Brno
- Odpovědná osoba Doc. MUDr. Andrea Janíková, Ph.D.
Lymfomy patří mezi nádorová onemocnění se stoupající incidencí. Téměř polovinu nově diagnostikovaných lymfomů v ČR tvoří difuzní velkobuněčný B-lymfom (difuse large B-cell lymphoma; DLBCL), který se řadí mezi lymfomy s agresivním průběhem a včasná diagnostika je pro úspěch léčby klíčová. Základním diagnostickým přístupem zůstává histologické vyšetření, nicméně doplňkové molekulárně-biologické a cytogenetické metody významně napomáhají lepší prognostické stratifikaci pacientů. U DLBCL je pro stanovení prognózy a možnosti efektivnější terapie zásadní rozdělení na ABC nebo GCB subtyp podle toho, z jakých buněk lymfom vzniká, a také na tzv. double/triple hit lymfomy podle toho, zda nesou dvě nebo tři translokace zahrnující gen MYC a Bcl2 nebo Bcl6. Moderní alternativou pro monitorování průběhu onemocnění je využití tzv. tekuté biopsie a z ní izolované volné cirkulující DNA (cfDNA), která poskytuje komplexnější informace o nádoru než pouze analýza jedné postižené uzliny.
Cílem projektu je zavést pokročilé molekulárně-biologické metody, které by zpřesnily diagnostiku, prognózu a monitorování průběhu choroby u pacientů s DLBCL. Projekt zahrnuje tři dílčí úkoly: 1) metodické řešení pro rozlišení DLBCL pacientů do dvou prognosticky odlišných skupin (ABC a GCB skupina) na základě expresního profilu vybraných genů pomocí rychlé a přesné analýzy real-time PCR (qPCR); 2) možnosti využití cfDNA pro monitorování průběhu choroby a sledování minimální zbytkové choroby v plazmě a také v likvoru v případě agresivní DLBCL infiltrující do centrální nervové soustavy, kde je nemožné provést charakterizaci nádoru pomocí biopsie; 3) využití sekvenování třetí generace (Nanopore technologie), která umožňuje čtení dlouhých sekvencí, pro detekci translokací rozlišujících double/triple hit lymfomy.
V rámci projektu bude využíván biologický materiál od pacientů s DLBCL sledovaných a léčených ve FN Brno po podepsání informovaného souhlasu. Vzorky budou pseudonymizovány a osoba pracující s biologickým vzorkem na spolupracujícím pracovišti (CEITEC MU) tedy nebude schopna určit totožnost pacienta.
Očekáváme, že kombinace analýz provedených pomocí výše zmíněných metod umožní lepší stratifikaci pacientů s DLBCL, neinvazivní přístup pro sledování choroby z tekutých biopsií a možnost včasné intenzifikace léčby u rizikových pacientů nebo při relapsu onemocnění.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 14
2023
-
A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
CLLue: Searching for connections among clinical, biological, and molecular features in the dataset of leukemia patients.
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Exploring patterns in clinical, biological, and molecular data of leukemia patients with CLLue.
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Genomic aberrations detected in circulating tumor DNA from cerebrospinal fluid and plasma of patients with primary and secondary CNS lymphomas with negative flowcytometry.
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Integrativní diagnostika u pacienta s agresivním lymfomem postihujícím centrální nervový systém: využití komplexního NGS panelu a analýzy cfDNA
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Volná cirkulující DNA a její potenciál v diagnostice a léčbě maligních lymfomů
Klinicka Onkologie, rok: 2023, ročník: 36, vydání: 4, DOI
-
Web-based bioinformatic tool LYNX: LYmphoid NeXt-generation sequencing data analysis and visualization in hematological malignancies.
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
2022
-
CLLue: an interactive bioinformatic tool for data exploration, segregation, and important variables selection.
Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparison of DNA and RNA-based approaches for the genetic characterization and stratification of patients with diffuse large B-cell lymphoma
Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty
-
Integrated NGS testing and cfDNA analysis as an approach for aggregate tumor characterization and monitoring in a patient with aggressive lymphoma invading the central neural system.
Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty